Где там останавливается traceroute -- почти не имеет отношения к тому, работает сайт или нет. (И уж тем более прокси тут совсем ни при чем.) traceroute обычно работает при помощи пакетов такого типа, которые больше ни для чего не нужны. Если там где-нибудь в каком-нибудь файрволле запрещено такие пакеты пропускать -- трейс там и остановится; сайт же при этом может отлично работать.