В широтном направлении почти через всю страну простирается центральная горная цепь, окаймленная с обеих сторон прибрежными низменностями. Как для карибского, так и для тихоокеанского побережья характерны глубокие бухты и расположенные неподалеку острова. На южном побережье в океан вдаются несколько холмистых полуостровов, из них самый крупный – полуостров Асуэро. Горная внутренняя часть Панамы образована несколькими хребтами. Западные хребты, протянувшиеся в Панаму из Коста-Рики, увенчаны несколькими вулканическими пиками, самый высокий из них – гора Бару (3475 м над у.м.). Восточнее тянутся крутые склоны хребта Серрания-де-Табасара высотой более 900 м над у.м., доходящего до Панамского канала. Этот хребет резко обрывается юго-западнее города Панама, а дальше на юго-восток идет другая горная система – Кордильера-де-Сан-Блас, которая переходит в более высокую цепь Серрания-дель-Дарьен, продолжающуюся в Колумбии. Некоторые пики здесь поднимаются выше 1200 м над у.м. Еще один хребет, Серрания-дель-Баудо, начинается на юго-востоке Панамы и тянется от залива Сан-Мигель в Колумбию. Панамский канал проложен в наиболее низкой части перешейка между западной и восточной горными областями, где холмы не превышают 87 м над у.м. На Карибском побережье и северных склонах гор климат дождливый тропический. Особенно мощные ливни идут с мая по декабрь, но и в остальные месяцы недостатка влаги не ощущается. В порту Колон годовая норма осадков составляет 3250 мм, а средняя температура 27° С, причем разница в температурах между сезонами почти незаметна. В высокогорье дождей выпадает меньше, а с южной стороны гор на тихоокеанском побережье господствует тропический климат с влажным и сухим сезонами. В столице страны, например, 88% годовой нормы осадков, составляющей 1750 мм, приходится на май – ноябрь, а остальные пять месяцев стоит засуха. Примерно три четверти Панамы покрыто лесами. На Карибском побережье литоральные мангровые заросли сменяются густым влажнотропическим лесом из вечнозеленых широколиственных пород, дающих ценную древесину. Выше склоны покрыты не менее густым «лиановым» лесом, доходящим почти до вершин хребтов. Тихоокеанские прибрежные области покрыты густым полулистопадным лесом с небольшими участками саваннового редколесья. Фауна Панамы (http://www.americavisit.org/panama.htm) богата и разнообразна. Здесь водятся пума, оцелот и другие кошачьи, олени, обезьяны, пекари, муравьеды, ленивцы, броненосцы и кинкажу. Среди рептилий выделяются крокодилы, аллигаторы, ядовитые и безвредные змеи. Кроме североамериканских перелетных птиц, много попугаев, в том числе ар; встречаются цапли и туканы.