Graphviz умеет отрисовывать подграфы, но не умеет их соединять стрелочками. Вместо этого есть какие-то костыли. * Вот же ебанизм.

А, это dot не умеет. Умеет fdp вроде. * Но fdp не умеет стрелочки. Надо подыскивать альтернативный рендерер графов (сразу интерактивный).