я к чему про контроль сказала. только что получили на ревью статью китайцев. они брали растеньица грушки инвитро, подвергали их стрессу, собирали материал через час, два, пять, десять, двадцать четыре и смотрели экспрессию скажем гена Х. как контроль они взяли нестресованое растение. на первый взгляд все ок. НО! за эти час, два, пять и десять часов нестресованое растение грушки тоже растет. отвечает например на циркадные ритмы. может эти гены на день-ночь отвечают, почем мы знаем? корректный дизайн эксперимента должен выглядеть таким образом, когда через эти промежутки времени сравнивают стресованые и нестресованые растения.

как это делается с отдельными лимфоцитами, черт его знает.

(Reply to this) (Thread)

Ну бедные лимфоциты, когда их вынули из сосуда, долго трахали в центрифуге и изолировали, всяко в стрессе, что контроль, что основные. То есть по условиям стресса группы одинаковы. ;)) Я вот выше пыталась пояснить суть эксперимента и что меня смущает. Кратко: какого фига они характерные мРНК выдают аки зайки через 6 часов стимуляции, а делятся не через положенные пусть даже эти шесть часов плюс свой цикл 15 часов, а намного медленее? Что они там гады, в лунках, оставшееся время делают? ;))

(Reply to this) (Parent) (Thread)

Tania,
srazu ogovorus', chto s lymphocitami ne rabotala, no reshila vse-taki napisat' - mojet, eto budet dlia vas polezno. Naskol'ko ia poniala, vashi dannye ne shodiatsia s literaturnymi: vashi lymphocytes prohodiat 2-3 cikla, za to je vremia, chto "literatyrnye" prohodiat 4. V toje vremia FOXP3 mRNA poiavliaetsia cherez 6h i po vashim dannym, i po literaturnym. Na moi vzgliad otstavanie na 1-2 cycles bol'shogo znacheniia ne imeet; ia by v takom sluchae orietirovalas' na svoi dannye, a imenno (ponimaiu, chto vy prosili eto ne predlagat'!) izuchila by, kletochnyi cikl svoih kletok i rabotala by dal'she na osnovanie etih dannyh. Pust' vash kletki prohodit cikl za 20 h, a ne za 15 h. Togda 3 cycles vashih kletok ravny po vremeni 4 cycles "literaturnyh" kletok. Ili je, kak vy predpolagaete, vashim kletkam nujno vremia na adaptaciiu v nachale. Ia by vse je postaralas' s etom razobrat'sia sama (ponimaiu, chto, vozmojno, ne hochetsia tratit' denigi i vremia). Eshe vy pishite pro expression FOXP3, no otdel'nyi vopros, po-moemu, ego voobshe zdes' rassmatrivat' ne nado. Naskol'ko ia poniala, vy tol'ko znaete, chto FOXP3 expressiruetsia i v vashih kletkah i v "literaturnyh" cherez 6 chasov, a nado sravnivat' kinetiku expressii FOXP3 (cherez skol'ko chasov on poiavilsia? kogda expressiia dostigla pika? i t. d), u vas takih dannyh net; krome togo ih trudno po PCR poluchit' dostoverno.
Hope this helps,
Anna

(Reply to this) (Parent) (Thread)

А я вот только-только статью прочитала, что через 24 часа уже у других людей у лимфоцитов в тех же условиях развивался ответ, они тестили через 24, 48 и 72 часа, то есть именно этот опыт и сделали, зайки. ;))
А я теперь пожну их плоды. Хехе!

(Reply to this) (Parent) (Thread)

Good luck

(Reply to this) (Parent)