С начала 90-х годов Анатолий Приставки возглавлял Комиссию по помилованию при президенте Ельцине. Первый президент России доверил это дело общественности, известным и авторитетным в стране людям. 5 марта 1992 года состоялось первое заседание Комиссии по вопросам помилования при президенте РФ. Все эти годы Анатолий Игнатьевич и его коллеги по комиссии старались разобраться в непростых судьбах осужденных, давая многим из них шанс на свободу и справедливость. Ежегодно комиссия рассматривала около 12—15 тысяч дел, «миловала» по нескольку тысяч - сокращались сроки, смягчались условия содержания. В комиссию входили такие люди как Булат Окуджава, Марк Розовский, Феликс Светов, священник Александр Борисов и другие уважаемые в стране люди. Комиссия почти за 10 лет существования решила судьбу 69 856 осужденных: из них помиловала 12 856 смертников (смертный приговор был заменен на пожизненное заключение), а 57 тысячам смягчила приговор. Об это в июньском номере за этот года писала "
Новая газета" .
В декабре 2001-го, когда комиссия по предложению Владимира Путина была расформирована, Приставкину предложили остаться советником президента Путина по вопросам помилования. И он это предложение принял.
Анатолий Игнатьевич переживал, что новый порядок процедуры помилования усложнил саму процедуру, и список помилованных в последние годы постоянно сокращался. Так, в первом году работы комиссии
1992-ом были помилованы 705 человек. Для сравнения в 2005 году - 42 человека, в 2006-м — 9, в
2007-м — ни одного, в этом году - только один человек.
Анатолий Приставкин всегда резко высказывался о росте числа страждущих смертной казни в нашем обществе. Он говорил: «Когда народ требует отменить мораторий на смертную казнь — он, по сути, приглашает казнить самого себя».