Что значит - и раньше был разным модификатором?

Обычно когда мы пишем слова типа "колье" мы и читаем колЬ-йе, а не колЪ-йе.

То что в отдельных случаях мы отклоняемся от этой нормы, например читаем ближе к копЪ-йо вместо копЬ-йо не отменяет нормальный смысл мягкого знака.

А вот если заменить мягкий знак на йот - тогда априори непонятно читать ли конЬ или конЙ. То что на практике это больше теоретическая проблема чем практическая, потому что такие буквосочетания на текущий момент русскому языку не свойствены, не отменяет того что в принципе это двусмысленность, которая может больно аукнуться в будущем.