Отсутствие автоматической установки зависимостей это всё же другая крайность, ставить софт со всеми зависимостями попакетно это какое-то бессмысленное красноглазие. Gentoo как раз хороша тем, что при всей православности позволяет быстро получить рабочую среду и начать с ней работать, а не биться с её настройками — emerge мало чем уступает apt.