При всём уважении к казанской школе информатики мне очень трудно поверить, что она выпускает десятки именно теоретических информатиков (а не продвинутых программистов, что не одно и то же) в год.

С магистратурой проблема не только в малости стипендии (а где в магистратуре всем подряд платят стипендию?). Выпускников "специалитета" больше привлекает аспирантура: желание поскорее защититься довольно естественно, а недостаток образования может изнутри не особенно ощущаться, особенно когда руководитель уже есть и выпускника в эту аспирантуру уже берут. По узкой теме руководитель человека научил, диссертацию он худо-бедно напишет (хоть и без гениальных озарений). К тому же неочевидна отсрочка от армии в магистратуре-после-специалитета: вроде да, а вроде и нет, без юриста трудно.