На мой взгляд, тут несколько причин.
1. Никто не обещал не отдавать Сампсониевский собор РПЦ, а Исаакиевский собор второго сентября 2015 года официально пообещали не отдавать, заявив, что вопрос решен окончательно и отдали Смольный.
2. Сампсониевский не имеет такого мирового значения, как Исаакиевский.
3. Исаакиевский приносит в бюджет города очень большую сумму денег.
4. Исаакиевский построен не в стиле русских храмов.
5. Прихожан в Исаакиевском не так много.
Ну и еще, я думаю можно причин найти. Но это только, что первое приходит в голову.

//Прихожан в Исаакиевском не так много.//

Потрясающе! В Храм за деньги. Я хожу не на службы по часам, а тогда когда мне надо. И хочу ВСЕГДА и БЕСПЛАТНО видеть вот это чудо:

(https://fotki.yandex.ru/next/users/troitsa1/album/133569/view/908019)

Почему-то именно это меня ВСТАВЛЯЕТ! А не бюджет городских властителей.

Но это сделано за деньги жителей города, а не за деньги РПЦ, которая в эту красоту ни копейки не вложила, причем с самого начала постройки.
Я например, готов заплатить 150-250руб, когда мне захочется посмотреть, но я не хочу, чтобы метро стоило 45руб и из этих денег хоть копейка шла в сторону РПЦ.