Учебные занятия в Семинарии проходят 6 дней в неделю, кроме воскресенья.
По двунадесятым праздникам, а также в праздник Покрова Божией Матери и тезоименитства Владыки Ректора занятия отменяются, либо проходят по сокращенному расписанию. Не совершаются уроки в Великом Посту с Четверга Страстной седмицы до Среды Пасхальной седмицы.
Каникулы продолжаются две недели после Рождества Христова и месяц после летней сессии.
Занятия продолжаются 1 час 15 минут (без перерыва), т. е. два академических часа. Обычно на курсе проходит четыре-пять занятий.
Помимо этого для желающих организованы теоретические и практические занятия по иконописи.

Распорядок дня:

• 7.00 – Подъем
• 7.30 – Утреннее правило
• 8.00 – Завтрак
• 8.30 – 9.45 - 1 лекция
• 10.00 – 11.15 - 2 лекция
• 11.15 – 11.45 – Полдник
• 11.45. – 13.00. – 3 лекция
• 13.15. – 14.30. – 4 лекция
• 14.30. – Обед
• 15.00 – 16.15. – 5 лекция (хоровое пение, культура речи, информатика)
• 18.00. – 19.00. – Самоподготовка
• 19.00 – Ужин
• 19.10. – 21.45. – Свободное время
• 22.00. – Вечернее правило
• 23.00. – Отбой

Все студенты обязаны посещать учебные занятия, спевки, нести необходимые послушания в духовной школе. Ведутся журналы посещаемости занятий. Два раза в год проходит сессия, в результате которых проверяется успеваемость воспитанников КазДС.
Каждый студент обязан предоставить за учебный год одно семестровое сочинение и одну курсовую работу, темы которых указываются преподавателями соответствующих дисциплин по согласованию с учебной частью. Требования к работам закреплены в особых методических рекомендациях, в частности, особое внимание необходимо уделить правильному оформлению библиографии, ссылок и сносок; число используемых источников в сочинении должно быть не менее 6, в курсовой - 20.
В летнее время все учащиеся делятся на две группы и каждая из групп один месяц отдает родной духовной школе, трудясь на послушаниях по ее благоустройству.
Внутренняя жизнь Семинарии в вопросах дисциплины, несения послушаний, отношений между учащимися, преподавателями и инспекторским составом регламентируется Уставом Казанской Духовной Семинарии.