Не знаю как вам помочь с вашим рецептом, по моим представлениям и знаниям ржаной хлеб с содержанием ржаной муки больше чем белой без закваски хорошо испечь невозможно, как выше заметили, глютена в ржаной муке нет, дрожжам кушать нечего.
Посоветую поменять пропорции муки 2:1 белой к ржаной, сухих дрожжей не более 7 г на 500г белой муки. Следить, чтоб тесто не перестояло. Как проверить? Нажать пальцем, если ямка не заполняется или заполняется очень медденно - тесто готово. Если тесто перекиснет - опадет в процессе выпечки, что и произошло у вас по-видимому (цикл замеса слишком длинный, белой муки мало, дрожжи все съели очень быстро).
Второе, разная мука по разному забирает воду. В более жидком тесте процессы идут быстрее. Надо наблюдать и следить.
Почему первый раз получилось? Органик мука более грубая, не так тщательно очищеная. Скорее всего дикие дрожжи в рост пошли, что и происходит в закваске.

Хлеб не черный потому что мука мелкого помола и высокой степени очистки. В промышленный хлеб для цвета вообще-то патоку добавляют, так что на цвет особо внимания не обращайте.

PS Почитать про ржаную муку можно тут http://crucide.livejournal.com/131501.html Еще советую пойти в каталог рецептов в этом журнале и почитать про основы выпечки разного хлеба. Я сама начинала свое увлечение хлебопечеством отсюда, пеку правда теперь только на закваске - разница во вкусе огромная с дрожжевым хлебом, домашние другой есть не хотят.

Не знаю, как ржаная мука, а про пшеничную могу сказать следующее:
Дорогая мука отличается от дешевой (в том числе) более высоким содержанием клейковины. Это такое вещество, которое обеспечивает упругость теста. Оно не дает пузырькам воздуха в тесте схлопываться, что в итоге делает хлеб более пышным.
Может, к ржаной муке это тоже относится?

может дрожжей добавить?

по какому рецепту вы печете?
я тоже иногда пеку ржаной хлеб, вот мой рецепт:
Бородинский хлеб 1000 / 500
Соль 3 ч.л. / 1,5 ч.л.
Сахар 1 ст.л. / ½ ст.л.
Мёд 2,5 ст.л./ 1 ¼ ст.л.
Яблочный уксус 2 ст.л. / 1 ст.л.
Раст.масло 5 ст.л. / 2 ½ ст.л.
Солод ржаной 5 ст. л./ 2 ½ ст.л. – можно больше
Вода 450 г / 225 г
Мука ржаная 370 г / 185 г
Мука пшеничная 250 г / 125 г
Сухие дрожжи САФ-Момент 3 ч.л. / 1 ½ ч.л.
Кориандр молотый 1,5 ст.л./ 1 ст.л.

Солод залить 100 г кипятка, хорошо размешать, всыпать молотый кориандр, дать остыть, потом в ХП и остальные ингридиенты.
Режим Французский, корочка средняя
При замесе возможно придется добавить чуток муки, но колобок будет вязким, некрепким.
Перед началом выпечки смазать верх подс.маслом и посыпать целым кориандром
После окончания программы оставить на подогреве минут на 40, чтобы доходил (до часа), потом остудить. Резать остывший.

у меня печка LG, французский режим 4 часа.
ржаную муку покупаю недорогую, но конечно она у нас с вами разная.

очень хороший форум на hlebopechka.ru