я вижу, там написано что некоторые из ученых используют похожую на выводимую из кимуровских построений гипотезу в своих вычислениях. И если я правильно понимаю, о каких ученых идет речь, то они сами бы были очень счастливы оказаться мейнстримом.

Гмм. То есть биохимик Ларри Моран неправ, когда он пишет (http://sandwalk.blogspot.com/2007/03/silent-mutations-and-neutral-theory.html):

Neutral Theory and random genetic drift explains variation and it also explains molecular evolution and the (approximate) molecular clock. There are no other explanations that make sense and nobody has offered a competing explanation since Motoo Kimura (1968) or Jack King and Thomas Jukes (1969) published their papers almost fifty years ago. (Aside from occasional nitpicks, of course. There are always scientists who like to show that some mutations that were thought to be neutral are actually beneficial or deleterious. None of them have mounted a serious claim that most variation or most of molecular evolution can be explained by natural selection.)

Может быть, это не самый лучший пример того, как научное сообщество изменяет общепринятые теории (в том числе упомянутую Кордонским теорию эволюции) в свете новых фактов, но на антикреационистском сайте еще есть примеры.

У Вас проблема с логикой. Утверждение "большая часть молекулярных изменений нейтральна относительно выживаемости индивида" не означает что естественный отбор не является двигателем эволюциии.

У вас проблема со чтением. Я никогда не делал утверждения "естественный отбор не является двигателем эволюциии", которое вы мне приписываете.

Читаем вместе:
большинство изменений в генотипе не связаны с естественным отбором, и следовательно, естественный отбор - не главный двигатель эволюции
В этой цитате вывод не следует из посылки.

Если под эволюцией понимать изменение наследуемых характеристик от одного поколения к другому, то следует.

Скажите, Иосиф: вы в меня влюблены?

Если под эволюцией понимать изменение наследуемых характеристик от одного поколения к другому, то следует.
Нет, не следует. Я бы посоветовал Вам подумать еще раз, но, боюсь, совет этот неуместен и бестактен.

[прочитавши всю заметку] на мой взгляд неправ -- это очень мягко.

Вы не видите каких-нибуть итересных ообенностей его персональной странички, в сравнении со сучайно выбраной страницей другого профессора того же департамента?
http://biochemistry.utoronto.ca/moran/bch.html
http://biochemistry.utoronto.ca/clarke/bch.html

Моран больше занимается популяризаторством биологии и пишет учебники?

Больше? Выглядит как что он уже лет двадцать как только этим и занимается.

Насколько я помню, теория кимуры была любопытной, не более, в примерно годы своего опубликования. Уже в середине 80х ее упоминали почти исключительно по разделу история науки.
У нее есть другая роль, в которой она часто лишь упомиается, но никогда развернуто не обсуждается: каждому автору некоторой псевдонаучной еволюционной концепции надо каким то образом убежать непосильной для него задачи сравнения собственной теории с СТЭ. Популярных ход - в первом абзаце мельком упомянуть что множественная беспомощность "официального дарвинизма" была прежде продемонстрирована(дается невятная сылка на Шмальгаузена или Кимуру) и место ему на свалке, после чего продолжают изложением собственной теории в режиме монолога.

Прстите, а каким образом теория Кимуры демонстрирует "беспомощность официального дарвинизма"?

Я рад, что со Шмальгаузеном все понятно.

Прошу прощения, что влезаю - а что такое "СТЭ"? Т - это, наверно, "теория", Э - "эволюции", а С?

Синтетическая теория эволюции. IMHO, мы пока очень слабо понимаем, как идет эволюция и в этой области биологии эмоции и доктринерство преобладают.

Вы имеете ввиду академическую биологию?

Я имею в виду ту биологию, которую индексирует PubMed и для которой расчитывает импакты ISI Web of Knowledge. Безусловно, бывают и другие биологии, но я в их пользе для общества не уверен.

В той биологии достаточно неслабо представляют, как идет эволюция и, отчасти именно из-за этого, эмоции и и доктринерство там не процветают.

Тем не менее, здесь взрослые дядьки эмоционально обсуждают частные гипотезы о ходе эволюции 50-летней давности. В области, скажем, биохимии ничего подобного я не видел ни разу.

С - синтетическая. Несильно огрубляя ситуацию можно сказать, что это концепция Дарвина, пересказаная языком популяционной генетики. Активное время формирования - 20-30ые годы прошлого века.

Не совсем так. Нейтральная эволюция все еще очень активно обсуждается в эволюционной литературе (я совсем недавно ее перерывал как раз на это предмет). Поскольку "нейтральными" считаются все мутации у которых s<1/Ne, все упирается в вычисление Ne для реальных видов. Системы оценки Ne - очень разные и очень противоречивые. Например, оценки Ne для HIV внутри одного человека разнятся от 10^3 до 10^6. Соответственно и доля мутаций, которые можно считать нейтральными, меняется радикально, в зависимости от этих оценок. Я уж не говорю о том, что серьезных работ по оценке s для случайной мутации в геноме - кот наплакал.

Что обсуждают в статьях: почти нейтральные измененияя генов, теорию нейтрализма Кимуры или что то еще? Не могли бы дать пару ссылок на примеры таких статей, просто что б понять о чем речь. Может быть лучше у себя в журнале, к статье Кордонского это уже не имеет никакого отношения.

Обсуждают, каково распределение коэфициента отбора для случайной мутации и каковы вероятности фиксации нейтральных, негативных и позитивных мутаций в реальных популяциях.
Пример неплохой статьи (с реальными данными):
Nielsen and Yang, 2003, Mol. Biol. Evol. Vol 20, p. 1231, "Estimating the Distribution of Selection Coefficients from Phylogenetic Data"

Постараюсь в ближайшее время написать пост про это.

А-а, эту я знаю. Еще была хорошая публикация про разные модели:

Genetics, Vol. 154, 1403-1417, March 2000,
Understanding the Overdispersed Molecular Clock
David J. Cutlera