Тут смотря о чем спор -- как более-менее верно было замечено в комментах у Антона, за текст на вебе всё равно отвечает та же редакция. (Я кстати не очень понял, какое отношение статья в Ведомостях имеет к спору Транснефти с ее акционером по поводу отчетности этой самой Транснефти -- официальной публикацией отчетности эта статья всё равно не являлась.)

Просто теперь в подобных делах надо будет писать не "в газете", а "в бумажном (сетевом) выпуске газеты, и подкреплять это соответсвующим образом.

Тут еще может быть такой хитрый поворот - если бумажная копия, как правило, служит подтверждением того, что так оно и было напечатано, то в случае сетевой версии необходимо быть готовым к тому, что другая сторона поспешит поменять содержание и объявить, что заверенная распечатка веб-версии представляет собой ошибку, случайно выложенную в открытый доступ и немедленно удаленную после обнаружения. Мало ли на какую кнопку нажмет веб-редактор? То есть заверять придется несколько идентичных распечаток с достаточно продолжительным интервалом.

Любопытно, кстати, как подобные проблемы решаются в других странах -- той же Америке например.