Четвертый слой, который в кине не показан, но был раскрыт братьями Вайчовски понятен, и его даже такой дебил, как я домыслил сразу после последней части. Ну типа Зион это та же Матрица, вид сбоку.
Но ведь НАХУЯ?
Осталась главная лакуна во всем сюжете - нахуя люди? Как источник энергии, да вы шутите! Веганы вон этот самый принцип без всякой Матрицы всем пихают (и правы, тащемта) - чем выше по пищевой цепочке, тем больше энергии потратить надо, а сверху ты получишь хуй, хоть голосуй, хоть сей, хоть куй. Умные машины наверняка уже запустили на орбиту кучу поглотителей солнечной энергии, а то и вообще Сферу Дайсона захерачили, за 200 лет-то, имея такую скорость обработки данных, что аж целый виртуальный мир без напряга поддерживали и мегаинтеллект.

У меня два ответа:
1. На самом деле Матрица - не козел, и вообще хороший компьютер. Спасала она человечество. Никакой войны людей и машин вообще-то не было. Была война людей и людей, и люди таки расхерачили планетку до полного пиздеца. Машины лишь успели собрать тех, кто в живых остался (ну или там наклонировать из фрагментов и восстановить сознания из бэкапов, наверняка куча народу бэкапилось). И теперь ждут, пока либо на новую планетку зонды долетят, либо терраформируют Земляшку или Марс вообще, чтоб всех пробудить и выпустить. А Матрица - Online RPG, ну чтоб люди за эти 500-1000-10 000 лет, пока все не восстановится - не сдохли сошли с ума со скуки. А поскольку делать людей врагами друг-друга нельзя (в логах сохранено, чем это кончилось), посему благородные машины подставляют сами себя, играя в "разбойников" во всемирной игре их и "казаков"-людей.
Правда, не совсем понятно, почему вообще не вырезать агрессию из людского сознания, но может оно просто надо как один из механизмов выживания вида (ну мало ли там инопланетяне, вирус или еще какой пиздец).

2. Матрица таки козел, но с багом. Какой-нибудь закон робототехники на первых порах оказался недоуничтожен. В результате особо люди-то системе и не нужны, но нужно ограниченное количество юзеров, иначе, например, система вырубится. Или баги в системе искать, пользуясь тем, чего пока не могут смоделировать сами, типа человеческого распиздяйства/смекалки.

Причем первый вариант решил бы разногласия продюсеров с авторами с минимальными потерями для фильма.
Хотя... Как обычно, ждем 4, 5 и 6 частей.

Слава Матрице! Архитектору слава!