Но ведь речь не только о вопросительных словах. В русском языке есть слова "шар" и "чан" (не 'шт' или 'чт'), а в латыни это QU,похоже, всегда.

Кстати, вспомнил. Для стихотворного размера qu в латинским не воспринимается как сдвоенная согласная (важно, потому что перед сдвоенной согласной обычно идет длинная гласная). Так что видимо действительно они воспринимали это как один звук. Почему - черт их разберет