Вот уж не думал, что ты TeX'ом не пользовался.

TeX существует в виде кучи разных вариантов поставки. И возраст книжек часто превышает возраст использующихся сейчас обычно русификаций.

По поводу растровых шрифтов на выходе dvips -- сейчас уже штатным результатом являются векторные шрифты. Для MikTeX надо установить пакет cm-super (при не полной установке он не устанавливается) -- там есть русские шрифты LH в Type1 (LH обычно и используются в русификациях вместе с CM -- за исключением книжек МЦНМО, где использовали русские шрифты Шеня, если я правильно помню.). Type1 -- векторный формат. Английские CM в Type1-варианте, вроде, по умолчанию ставятся и так.

"Штатной" русификацией является пакет babel, в MikTeX он есть по умолчанию, при установке лучше проверить, что русский язык к нему устанавливается. К нему ещё можно подключить пакет misccorr -- это аналог russcorr из МЦНМОшной поставки emTeX (= IUMTeX). Он меняет некоторые элементы оформления на принятые в России, конкретнее можно посмотреть в самом misccorr.sty. Ещё к пакетам есть документация в каталоге doc.

Кстати, для печати иногда может иметь смысл использовать растровые шрифты -- для них можно управлять некоторыми параметрами при растеризации. Векторные могут получаться слишком тонко или слишком контрастно -- это можно исправить. А векторные удобнее читать с экрана, особенно если это в PDF -- Acrobat Reader глючно отображает растровые.

И про необходимость \protect перед _ и ^ в аргументе \section -- странно это как-то. Сейчас проверил -- и без него работает. Может, у тебя какие-нибудь пакеты эти _ и ^ переопределяют. На всякий случай сам файл:
===
\documentclass[a4paper]{article}

\usepackage{amsmath}
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[cp866]{inputenc}
\usepackage[russian]{babel}

\begin{document}
\section{Тест1}
\section{жо $A_1$}
\section{ЖЖ $\mathrm{G\protect^1\Sigma\protect_g\protect^+ \rightarrow B\protect^1\Sigma\protect_u\protect^+}$ жж}
\section{ЖЖ $\mathrm{G^1\Sigma_g^+ \rightarrow B^1\Sigma_u^+}$ жж}
\section{Тест1}

\tableofcontents

\end{document}
===

В ТеХе последний раз работал давно, очень давно - когда выбор был фактически между ТеХом и chiwriter-ом :-) Естественно, что с тех пор многое поменялось, и сейчас я его осваиваю фактически заново.

По поводу растра - мне по большому счету пофиг, при печати на лазернике разница с "чистым вектором" будет видна разве что под микроскопом, за неё я бороться не собираюсь.

А насчет \protect - забавно. Я точно помню, что когда начал набирать оглавление - команды "_" и "^" ломались, иначе я бы не полез искать "как чинить" и не нашел бы команду \protect, после которой всё стало хорошо. Тем не менее - твой пример работает нормально, а что самое смешное - мне сейчас не удалось "сломать заново", то есть воспроизвести эксперимент недельной давности, даже создав минималистический тестовый файл. ТеХ я заведомо не апгрейдил - как поставил один раз, так и стоит, что я там делал в документе - фиг знает, но ничего серьезного туда не вставлялось... Загадка! Но точно помню - неделю назад не работало :-)