> Может возникнуть такой момент, когда требуется обновленный компонент, но из-за замены файлов он не может быть вызван

Как раз нелогично: замена файлов как раз и происходит при перезагрузке, до перезагрузки компонент есть, но он ещё не обновлён. И если перезагрузку не произвести - система до перезагрузки просто останется со старым компонентом (попутно могут быть заблокированы, например, какие-то ещё апдейты, поскольку предыдущий апдейт считается "ещё не завершенным", но это мелочи).

Тут логика скорее более ломовая: если юзера нет за компьютером, и он за 15 минут так и не нажал "отмену" - значит, его и нет вообще, согласия на перезагрузку можно вообще не дождаться, надо перегружать принудительно.

Где ж там логика... если в политиках прописано "перезагружать только по разрешению", значит - только по разрешению. Мало ли что юзера нет, может, обрабатывается что-то критичное.