Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-02-22 18:23:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
...крайние, граничные объекты, описываемые как теоретическая крайность - но тем не менее существующие или такие, существование которых возможно. Вот черные дыры - теоретический изыск, но считается, что есть - как и начальное состояние вселенной без пространства, с бесконечной плотностью - может быть, да, удобные фикции, но с ними обращаются всерьез, как с существующими объектами. а там глядишь - и изыск находят, по крайней мере имеются косвенные признаки существования. А тогда интересно посмотреть, нет ли для биологии таких объектов. С одной стороны, они приходят в голову сразу. Популяции - в которых все особи равноверноятно скрещиваются. Происходящие от одной пары виды. И прочая такая штука. Но это какие-то спокойные модели... А вроде этих вот черных дыр? Ну вот была идея о сверхадаптивном существе. Которое могло переходить к разным условиям жизни не эволюцией, а индивидуальным приспособлением. Рыбки оказались на суше, махнули плавничками - и взлетели, стали птичками. По мере снижения этой сверхадаптивной способности такие твари рушатся в наш привычный мир - теперь адаптации достигаются за миллионы лет в длинной череде поколений, а потом и вымереть можно. Или идея о напичканном положительными (=полезными) мутациями предке - от которого отчленяются все новые потомки, несущие собственный частичный заряд полезных мутаций. Приглядевшись, такого удивительного предка можно отыскать в основании многих филогенетических деревьев. Сейчас рождаются такого сорта понятия в генетике - вроде гена жизни (гена речи) и прочих штук. Очень важный ген, залучившись которым можно организму более не беспокоиться. И дальше вся теория сводится к тому, как бы оный ген не потерять. Вообще же можно попытаться взять наиболее важные биологические понятия и выаести их на минимум и на максимум. Сверхплотная популяция, сверхсильная конкуренция и нулевая конкуренция, сверхадаптивный организм и сверхоптимальный хищник, сверхбыстрая эволюция и т.п. Иногда это делается, но лишь иногда, потому как что с такими понятиями делать - сразу становится очевидно, что многие биологические теории недостаточно формализованы, чтобы что-то внятное сказать про сцепления понятий. Но поиграть так все же занятно - набрав пару десятков понятий, вывести их в ноль и максимум и посмотреть, какие предсказания дают разные теории. Скажем, совершенный ценоз запрещает эволюцию своих элементов, виды в ценозе не эволюируют - абсолютная группировка не обладает никакой связностью видов внутри себя и виды могут в ней свободно заменяться. Если принять целостность ценозы выше или равной организменной, какими свойствами будет обладать такой ценоз - кажется, это будет соотношение хозяина и паразитов, виды будут вести себя лишь в "полостях", некотонтролируемых ценозом. Как выглядит биогеография с абсолютно жесткими границами - там же в пределе разные происхождения жизни. И т.д.


(Добавить комментарий)


[info]prahvessor@lj
2010-02-22 12:46 (ссылка)
Пример очень адаптивного механизма: сплайсинг и, как следствие, альтернативный сплайсинг. При том что первоначально, похоже, возник как ответ на интронную катастрофу после получения интронов из митохондрий (про это есть красивая статья Кунина).
Потом из нужды сделали добродетель: раз уж сплайсируем гены, то почему бы не по-разному. В результат оказалось возможным, например, иметь изоформы, частично полностью идентичные, а частично совсем разные (хрестоматийный пример - секретируемый иммуноглобулин и мембранная форма, работающая рецептором: антиген0-связывающий домен один и тот же). Дупликациями такого не сделать.
Впрочем, дрожжи (сахаромицеты), похоже. сплаййсинг практически потеряли, а сейчас воссоздают (механизм не совсем тот и не видно старых интронов).
Аналогично: комбинаторный иммунитет (с механизмом, похоже, транспозонного происхождения, см. статьи Капитонова и Панчина).

Не уверен, что это ответ на заданный вопрос, скорее, свободный комментарий.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

PS
[info]prahvessor@lj
2010-02-22 13:20 (ссылка)
уже ближе к теме: концепция "минимального генома" - т.е. минимального набора генов, при котором можно жить независимо. Сначала сделали теорерически, сравнением геномов, как набор генов, общих для всех живых существ (Кунин-Мушегян, потом много кто), причемсразу вылезла куча поучительных осложнений (неродственные белки с одинаковой функцией и т.п.). Потом делали выбивая гены по одному, и глядя, что получится (тоже, на самом деле, не вполне тривиально - во-первых, зависит от того, как делать, в хороших условиях или при соревновании, во-вторых, бывают синтетические летали - по отдельности вышибать можно, вместе - нет). Тем не менее, какая-то картинка получилась.

А теперь Крег Вентер хочет реально сделать микоплазму с минимальным геномом. И сделает.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

подумалось
[info]track_max@lj
2010-02-22 14:47 (ссылка)
проект "минимальный геном человека"

(Ответить) (Уровень выше)

Re: PS
[info]aaluck@lj
2010-02-22 15:11 (ссылка)
Минимальный или неуменьшаемый? Сильно подозреваю, что Крег Вентер под минимальным геномом понимает именно неуменьшаемый. Хотя это не синонимы. В дискретной математике аналогом минимального генома будет кратчайшая (минимальная) дизъюнктивная нормальная форма (ДНФ), а неуменьшаемого -- только тупиковая ДНФ. Ясно что минимальная ДНФ -- одна из тупиковых, вот только у сколько-нибудь нетривиальной фунции этих тупиковых ДНФ не много, а очень много.
Так же я думаю и у микоплазмы может быть много несокращаемых дальше геномов. Если НЕТ, то это уже надо думать почему нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: PS
[info]prahvessor@lj
2010-02-24 05:11 (ссылка)
ну, вообще-то я упомянул про синтетические летали - отсюда как раз и получается простой пример неуменьшаемого, но, возможно, тупикового варианта.

Думаю, что через сравнительную геномику можно вынуть как раз строго минимальный, только надо научиться учитывать неортологические замещения, что автоматически пока не получается.

Впрочем, полагаю, в данном конкретном случае это различие уже за пределами уровня точности. Ясно, что за два-три - да хоть за десяток - генов торговаться не очень осмысленно. Тем более, что "живет - не живет" - это тоже определение не очень четкое: на одной среде живет, на другой - нет...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: PS
[info]aaluck@lj
2010-02-24 06:19 (ссылка)
Здесь интереснее не минимальный геном, а набор всех тупиковых геномов для данного. Этот набор очевидным образом очерчивает границы изменчивости. Ну что можно выкинуть, модифицировать. Получать его весь реально, в виде живых организмов не осмысленно, да и много их будет, в лабораторию может не влезть. Но получать какие-то живьём, чтобы убедиться, что не лажаемся и иметь формальное описание всей совокупности тупиковых геномов -- очень даже осмысленно.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: PS
[info]apodemys@lj
2010-02-22 17:27 (ссылка)
Я понимаю, минимальный набор структурных генов. А архитектурные элементы куда же? А регуляторные (все скопом, и с рнковым продуктом, и с энхансерами)? Или это все только для эукариот работает (простите мою темность)?
Творец, тоже мне... Овцу еле-еле клонировали, а это куда сложнее, мне кажется

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: PS
[info]prahvessor@lj
2010-02-24 05:06 (ссылка)
не уверен, что понимаю противопоставление структурных и архитектурных генов. Маленькие бактерии вполне обходятся без регуляторов транскрипции и РНК-переключателей и подобных РНКовых регуляторных элементов. Энхансеры - это у эукариот.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: PS
[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:22 (ссылка)
да, минимальный геном - отличный пример работы как раз такого подхода к понятиям.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:20 (ссылка)
спасибо, статьи Кунина-то я и не читал по этому поводу.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]mfreidin@lj
2010-02-24 12:01 (ссылка)
"см. статьи Капитонова и Панчина"

Подскажите, пожалуйста, ссылку или выходные данные.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]prahvessor@lj
2010-02-24 12:09 (ссылка)
Kapitonov VV, Jurka J. RAG1 core and V(D)J recombination signal sequences were
derived from Transib transposons. PLoS Biol. 2005 Jun;3(6):e181. Epub 2005 May
24. PubMed PMID: 15898832; PubMed Central PMCID: PMC1131882.

Panchin Y, Moroz LL. Molluscan mobile elements similar to the vertebrate
Recombination-Activating Genes. Biochem Biophys Res Commun. 2008 May
9;369(3):818-23. Epub 2008 Feb 29. PubMed PMID: 18313399; PubMed Central PMCID:
PMC2719772.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]mfreidin@lj
2010-02-24 12:27 (ссылка)
Премного благодарен ))

(Ответить) (Уровень выше)

"Исчезающие виды животных"
(Анонимно)
2010-02-22 15:25 (ссылка)

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: "Исчезающие виды животных"
[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:23 (ссылка)
давняя история про адаптивный механизм коров. Как что - откидывают копыта

(Ответить) (Уровень выше)


[info]tessey@lj
2010-02-22 15:58 (ссылка)
а коацерватная теория, разве не теоретический изыск? вполне себе "большой взрыв" по моему..

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:23 (ссылка)
а что она максимизирует?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tessey@lj
2010-02-23 03:27 (ссылка)
ну, например, ничтожную вероятность подобного события.
такая же умственная абстракция как черная дыра, хотя у дыр есть хотябы косвенные подтверждения.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 04:04 (ссылка)
хм. почти всё, что говорится в теориях происхождения жизни, говорится о ничтожных вероятностях

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]tessey@lj
2010-02-23 04:23 (ссылка)
да, и по моему они вполне себе стоят в одном ряду с теорией черных дыр и большого взрыва.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]apodemys@lj
2010-02-22 17:30 (ссылка)
Любая существующая теория представляет собой только более-менее близкое приближение к реальности до тех пор, пока нет Общей Теории Всего. И уже поэтому будет давать ошибку при крайних условиях, как ньютоновская механика в масштабах отдельных молекул.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:23 (ссылка)
ну, ошибки теорий редко кто с увлечением собирает

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nawigator_pirx@lj
2010-02-23 01:32 (ссылка)
А вот интересно, может ли быть ген, ну предположим, коллемболы? Или там ктыря. Без шуток.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 03:26 (ссылка)
В каком-то смысле - да.

Вот ход мысли. Ваш вопрос - может ли возникнуть нечто, что мы однозначно определим как "...", при участии (добавлении) одного гена. Думаю - уродства. То есть это организмы, у которых уродство важнее таксономической принадлежности, так что их имеет смысл прежде всего характеризовать по уродству, а не по "нормальному" плану строения.

Говоря отдаленным намеком - прямо по названиям генов =- которые так и называют eyeless и пр.

А вывести штуку в таксон... Ну вот, только таксон уродов

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]malchikk@lj
2010-02-23 22:17 (ссылка)
на вирус похоже

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]nawigator_pirx@lj
2010-02-24 13:06 (ссылка)
Ну, типа как был таксон, потом жахнул ласковый несмертельный вироз, вызвавший массовый переход по знамёна нового таксона?

(Ответить) (Уровень выше)


[info]nawigator_pirx@lj
2010-02-24 12:52 (ссылка)
Ага. Синапоморфный цирк уродов.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]olnud@lj
2010-02-23 08:30 (ссылка)
Не знаю - не уверен, что все нужно сводить к самому адаптированному. Более понятно - к самому успешному, ибо успех конкретной особи (популяции и т.д.) может быть делом случая.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-23 13:11 (ссылка)
наверное, я не понял разницы. Это Вы о том, что адаптированность - это наша оценка, а успех - мол, объективный показатель?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ext_97196@lj
2010-02-23 21:23 (ссылка)
Я так понял, что речь (про случай) о том - что вот вряд ли есть критерий для утверждения, что динозавры уступали по адаптивности (не скажу "млекопитающим", чтобы не влезать в дебри) - черепахам (или хоть рыбам...). Но некий случайный фактор - "шарахнул" по одним и не затронул других (а мог быть иной фактор - с зеркальным результатом)...

Но я тоже не понимаю, как эта случайность может выполнить роль адаптивности, - разве что (как в некоторых фантастических юморесках) предположить, что "случайность" во вселенной - вовсе и не случайна, а делится, к примеру, на "положительную" и "отрицательную" - и может в качестве эдакого "теплорода двух сортов" адсорбироваться и накапливаться теми, "кого Бог любит", "кому чертовски везёт" или наоборот:).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]malchikk@lj
2010-02-23 22:20 (ссылка)
Любой крупье Вам скажет, что удача присуща людям с разной мере

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ext_97196@lj
2010-02-24 04:21 (ссылка)
Это хорошо. Я даже знаю ещё несколько категорий людей, особо авторитетных в тайнах мироустройства.
Но всё-таки "игорный" пример - не годится. Потому что это ведь деятельность человека, имеющая определённую программу и цель, правда? Вот нужно игроку, чтобы шарик прыгнул на зеро (или чтоб в "одноруком бандите" три картинки совместились). Нужно - вот он этого и добивается: у одних лучше получается шарик принудить, у других - хуже, но таким путём гораздо проще объяснить эффект, чем "везением". Вон - Тесла, говорят, вообще мог без всякого материального рычага, одной силой идеалистической мысли - земными шарами ворочать.

Нет! Чтобы быть уверенным в наблюдении именно поляризованной случайности (адсорбированного везения или наоборот), а не скрытой работы воли и сознания объектов эксперимента, - необходимы условия тотально независимые. Добиться этого сложно. Скажем, на некого субъекта птички всё время с неба... неожиданно балуются. А не другого - совсем наоборот: под гнездовьем пройдёт, а костюм и шевелюра - чистые. Опять не то! Кто ж их знает, что за резон у тех птичек в уме? Может, им симпатичен один и директора хлебобулочного напоминает, а со второго - как раз-таки тошнит и кишки подводит!

Нет, дорогие товарищи учёные! Вы нам дайте такую случайность несчастий или везения, чтобы уж никаких погрешностей измерения. Никакого участия сознания - ни человечьего, ни - упаси Бог - зверонасекомого какого-нибудь (может, они ещё почище нас наловчились идеями материю двигать!), - один сплошной произвол бездушного космоса. Вот тогда мы чегой-то докажем, и счастие будем добывать Всем! Даром! - прямо из андронного коллайдера улучшенной конфигурации. Ведь главное - это задачку поставить правильно. Ну, Вы меня понимаете!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]olnud@lj
2010-02-24 10:34 (ссылка)
Где-то так: успех - это выжил и дал потомство, а адаптации - "навязывание" этой особи неких преимуществ. А тут бездна спекуляций!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ext_97196@lj
2010-02-23 21:11 (ссылка)
"Гиперадаптивные" - это, получается, (на уровне организмов) - что-то вроде стволовых клеток?
Следует ли тогда предположить за ними и "неспецифичность"?
То есть - вот: никакие и не "рыбки" (ни рыба, ни мясо:)), а всякий раз "чего изволите?".
Можно представить, что такой вид заполняет (в биоценозе или биосфере) все наличные "ниши": ну, как частность - одни особи этого вида являются хищниками по отношению к другим (третьи - паразитами, четвёртые - падальщиками) причём как в конкурентных, так и в независимых плоскостях. Интересно, какие бы могли потребоваться "регуляторные механизмы" (включая, может быть, искусственные запреты и ограничения такой беспредельной изменчивости - подобно опять же "ограничениям по возрасту" для стволовых клеток в животном; ограничения, возможно, не тотальные, но распространённые в части особей "гипер-вида"...?).

Ну, и почему бы в пылу этой безответственности совсем не "скакнуть через голову" в фантазировании - и не спросить, например: а каковы шансы создать такую непротиворечивую биологическую теорию ("биологическую теорию всего":)), в которой вся совокупность "биомассы" Земли - и рассматривалась бы в качестве такого вот "единого вида" с бесконечной (потенциально) адаптивностью особей, которая в то же время "искусно" подавляется и регулируется "консервативно-эволюционными механизмами", порождёнными ею самой?.. :)

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-24 07:32 (ссылка)
да, про стволовые - правильная аналогия
да, чего изволите

есть биоценоз из одного вида. подземный, из 1 бактерии. В километре под землей живет себе... кажется, она нахватала генома от разных групп бактеорий и синтезирует в себе то, что порядочные бактерии делают по-отдельности

(Ответить) (Уровень выше)


[info]glukanat@lj
2010-02-24 02:41 (ссылка)
А такие чисто теоретические рассуждения очень полезны. На таком математическом фокусе как экстраполяция двух теорий появилась всся квантовая теория (изд\лучение абсолютно черного тела)

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-24 07:32 (ссылка)
да то-то и оно, что полезны. Но не шибко получаются

(Ответить) (Уровень выше)