Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-02-22 18:23:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
...крайние, граничные объекты, описываемые как теоретическая крайность - но тем не менее существующие или такие, существование которых возможно. Вот черные дыры - теоретический изыск, но считается, что есть - как и начальное состояние вселенной без пространства, с бесконечной плотностью - может быть, да, удобные фикции, но с ними обращаются всерьез, как с существующими объектами. а там глядишь - и изыск находят, по крайней мере имеются косвенные признаки существования. А тогда интересно посмотреть, нет ли для биологии таких объектов. С одной стороны, они приходят в голову сразу. Популяции - в которых все особи равноверноятно скрещиваются. Происходящие от одной пары виды. И прочая такая штука. Но это какие-то спокойные модели... А вроде этих вот черных дыр? Ну вот была идея о сверхадаптивном существе. Которое могло переходить к разным условиям жизни не эволюцией, а индивидуальным приспособлением. Рыбки оказались на суше, махнули плавничками - и взлетели, стали птичками. По мере снижения этой сверхадаптивной способности такие твари рушатся в наш привычный мир - теперь адаптации достигаются за миллионы лет в длинной череде поколений, а потом и вымереть можно. Или идея о напичканном положительными (=полезными) мутациями предке - от которого отчленяются все новые потомки, несущие собственный частичный заряд полезных мутаций. Приглядевшись, такого удивительного предка можно отыскать в основании многих филогенетических деревьев. Сейчас рождаются такого сорта понятия в генетике - вроде гена жизни (гена речи) и прочих штук. Очень важный ген, залучившись которым можно организму более не беспокоиться. И дальше вся теория сводится к тому, как бы оный ген не потерять. Вообще же можно попытаться взять наиболее важные биологические понятия и выаести их на минимум и на максимум. Сверхплотная популяция, сверхсильная конкуренция и нулевая конкуренция, сверхадаптивный организм и сверхоптимальный хищник, сверхбыстрая эволюция и т.п. Иногда это делается, но лишь иногда, потому как что с такими понятиями делать - сразу становится очевидно, что многие биологические теории недостаточно формализованы, чтобы что-то внятное сказать про сцепления понятий. Но поиграть так все же занятно - набрав пару десятков понятий, вывести их в ноль и максимум и посмотреть, какие предсказания дают разные теории. Скажем, совершенный ценоз запрещает эволюцию своих элементов, виды в ценозе не эволюируют - абсолютная группировка не обладает никакой связностью видов внутри себя и виды могут в ней свободно заменяться. Если принять целостность ценозы выше или равной организменной, какими свойствами будет обладать такой ценоз - кажется, это будет соотношение хозяина и паразитов, виды будут вести себя лишь в "полостях", некотонтролируемых ценозом. Как выглядит биогеография с абсолютно жесткими границами - там же в пределе разные происхождения жизни. И т.д.


(Читать комментарии) - (Добавить комментарий)

Re: PS
[info]aaluck@lj
2010-02-22 15:11 (ссылка)
Минимальный или неуменьшаемый? Сильно подозреваю, что Крег Вентер под минимальным геномом понимает именно неуменьшаемый. Хотя это не синонимы. В дискретной математике аналогом минимального генома будет кратчайшая (минимальная) дизъюнктивная нормальная форма (ДНФ), а неуменьшаемого -- только тупиковая ДНФ. Ясно что минимальная ДНФ -- одна из тупиковых, вот только у сколько-нибудь нетривиальной фунции этих тупиковых ДНФ не много, а очень много.
Так же я думаю и у микоплазмы может быть много несокращаемых дальше геномов. Если НЕТ, то это уже надо думать почему нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: PS
[info]prahvessor@lj
2010-02-24 05:11 (ссылка)
ну, вообще-то я упомянул про синтетические летали - отсюда как раз и получается простой пример неуменьшаемого, но, возможно, тупикового варианта.

Думаю, что через сравнительную геномику можно вынуть как раз строго минимальный, только надо научиться учитывать неортологические замещения, что автоматически пока не получается.

Впрочем, полагаю, в данном конкретном случае это различие уже за пределами уровня точности. Ясно, что за два-три - да хоть за десяток - генов торговаться не очень осмысленно. Тем более, что "живет - не живет" - это тоже определение не очень четкое: на одной среде живет, на другой - нет...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: PS
[info]aaluck@lj
2010-02-24 06:19 (ссылка)
Здесь интереснее не минимальный геном, а набор всех тупиковых геномов для данного. Этот набор очевидным образом очерчивает границы изменчивости. Ну что можно выкинуть, модифицировать. Получать его весь реально, в виде живых организмов не осмысленно, да и много их будет, в лабораторию может не влезть. Но получать какие-то живьём, чтобы убедиться, что не лажаемся и иметь формальное описание всей совокупности тупиковых геномов -- очень даже осмысленно.

(Ответить) (Уровень выше)


(Читать комментарии) -