Чистое мышление
SYSTEMS BIOLOGY Principles, Methods, and Concepts. 2007 CRC Press
///конспективные заметки///
Основы системной биологии - Andrzej K. Konopka
Системная теория включает 4 парадигмы:
1. Теория хаоса
2. Клеточные автоматы
3. Теория катастроф
4. Иерархические системы

Принципы чистого мышления
1. Принцип формальной правильности - эффективная аргументация в области науки должна соответствовать правилам логики (например, должны быть формально корректной)
2. Принцип причинности - каждый научно объяснимый объект, процесс или явление
(факт) можно рассматривать как материально или логически вытекающий из причины (факта, объекта или процесса)
3. Принцип иерархической организации (постулат о существовании иерархии вещей) - каждый научно объяснимый объект, процесс или факт относится к иерархической организации (иерархической системе) и, в то же время, содержит части, организованные иерархически.
4. Принцип логико-лингвистической подразделенности - каждая научно объяснимая система может либо быть представлена как подсистема (или часть) удобной (или хорошо определенной) большей системы или может быть разделена на подсистемы, свойства которых, как считается, удобны или хорошо определены. Чтобы избежать так называемой бесконечный регрессии, дополнительно предполагается существование минимальной части (логико-лингвистических атомов), которые не могут быть разбиты на более мелкие части.
5. Принцип материального соответствия — все понятия и лингвистические конструкции (особенно определения), используемые для объяснения наблюдений за естественными системами должны не только быть истинными, но должны также соответствовать фактической действительности до максимально возможной степени. Наши объяснения должны быть релевантны и настолько подходящи, насколько возможно, для фактического наблюдаемого процесса или явления, которое мы пытаемся объяснить. (Тривиальные или несоответствующие истины не должны быть принимаемы
как действительные объяснения).

Эти принципы так названы, потому что они не могут эффективно применяться без семантической и прагматической интерпретации.

///Далее автор перечисляет теории истины.///

Способы вывода:
1. Дедукция (от общего к частному)
2. Индукция (от конкретных общих)
3. Прагматический вывод
a. Абдукция (поиск наиболее правдоподобного объяснения)
b. Совпадение (комбинирование разных последовательностей, что позволяет прийти к новой гипотезе)

///Далее автор перечисляет виды редукционизма///

///Далее автор перечисляет виды моделирования///

Принятые метафоры
Машинная
- биологический объект (например, клетка, орган, организм, популяция, и так далее) мыслится как машина (как механическое устройство, часовой механизм, и так далее).
Языковая
- биологические объекты (например, геном, белки, метаболические пути и так далее) мыслятся как
тексты, написанные в неизвестных сценария над неизвестном языке.
Органической системы
- Биологические объекты имеют подлинные органолептические свойства, которые отвечают за состояние "быть живым".
Организма
- Организм считается значимой единицей живой материи, они способны к адаптации и эволюции. Имеют собственную историю и память.
Информационная
- Внутренняя организация как ситема, информация репрезентирует такую организацию







Friesian Epistemology. Kelley L. Ross

Учение об обосновании кантианца Jakob Fries (1773–1843). http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A4%D1%80%D0%B8%D0%B7,_%D0%AF%D0%BA%D0%BE%D0%B1_%D0%A4%D1%80%D0%B8%D0%B4%D1%80%D0%B8%D1%85
Фриз различал три способа обоснования - доказательство, демонстрация и дедукция.

Reconsidering the Notion of the Organic. Robert E. Ulanowicz
Метафоры для самоорганизующихся систем, иные, чем в классическом органицизме, легче представить происхождения жизни.
Автор многажды упоминает Поппера и склоняет Уайтхеда. Излагает взгляды ученика Рашевского, Р. Розена. Розен разделил все процессы в организме на метаболические и "ремонт", восстанавливающие. В итоге вывел теоремы о слабом звене в системе организма - если какие-то из необходимых процессов не восстанавливаются, то. Organisms are mortal, it seems.
Применяется к автокаталитическим циклам.
Органические системы являются подклассом более общей категории - nondecomposable, неразложимых. Это радикально олтличает от чисто механических систем.
И далее такое же литературоведение.



Раздел про теорию хаоса - ну конечно, фракталы и прилежащее к ним бытие. Стандартный обзорчик.



Biological Complexity: An Engineering Perspective. Stephen W. Kercel

для характеристики достаточно сказать, что статья длинная и под самый конец добирается до цепей Маркова, генетических алгоритмов и Fuzzy Systems. В промежутке между введением и цепями Маркова автор успевает поговорить о свободе воли и детерминизме, а также про искусственный интеллект.



Заключительная статья сборника - о термодинамике. История открытия, три законы.