Ответ
Я тут давеча допытывался, как представить себе механику взаимодействия молекул в клетке, всех этих расплетений ДНК. Вопрос оказался крайне сложным, тем приятнее увидеть ответ. Канадская исследовательница Морин МакКиги (Maureen McKeague) показала всю механику по теме «Подбор ДНК-аптамеров для гомоцистеина с использованием систематической эволюции на иммобилизованном лиганде» (Selection of a DNA aptamer for homocysteine using systematic evolution of ligands by exponential enrichment).

http://vimeo.com/14528924
http://www.popmech.ru/article/8031-tanets-biohimii/

Аптамерами называются короткие цепочки нуклеиновых кислот, в том числе и ДНК. Особенность их состоит в том, что аптамеры специфично, т.е. с очень высокой избирательностью, взаимодействуют с не слишком крупными органическими молекулами. В сущности, аптамеры могут связываться с ними так же ювелирно, как крупные белковые рецепторы.

Теперь – гомоциестеин. Это аминокислота, аналог обычного серосодержащего цистеина, но не входящая в состав белков. В нашем организме гомоцистеин играет роль гормона, хотя до конца она еще не выяснена. Показано, что уровень гомоцистеина растет при курении и злоупотреблении кофе, со временем приводя к повреждению артерий и, возможно, к самым разнообразным неприятным последствиям, включая старческое слабоумие и болезнь Альцгеймера.

Процедура подбора:
1. Синтезируем короткие цепочки ДНК так, чтобы концевые их участки были одинаковыми, а вот центральная представляла собой случайный набор из 20-30 «звеньев»-нуклеотидов. В теории, можно создать буквально астрономическое количество вариантов, но нам достаточно столько, сколько получится. Практика показала, что в любом случае найдется несколько, более-менее хорошо связывающихся с любым интересующим нас лигандом (в нашем случае это гомоцистеин).

2. Превратим эту ДНК в РНК – это рутинная в современной биохимии процедура транскрипции. Полученную смесь коротких цепочек РНК пропустим сквозь хроматографическую колонку, наполненную гелем, к которому накрепко «пришиты» молекулы лиганда. Большинство из них не свяжется с ним и легко смоется прочь, часть же останется.

3. Эту часть мы смываем более долгим воздействием и «размножаем» с помощью еще одной стандартной процедуры, полимеразной цепной реакции. Затем повторяем всю процедуру, пока у нас не останется аптамер, имеющий максимальное сродство с лигандом.

ссылку на этот ответ на все мои вопросы мне передала irin_v@lj, найдя её тут http://sezam-lj.livejournal.com/100525.html
А вы говорите. Ответ всегда можно найти.