Фундаментальная электронная библиотека «Флора и фауна»
растения, животные, грибы и водоросли, теория эволюции и систематики
http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm и другие адреса

там можно сыскать кроме прочего
Усов С.А. Таксономические единицы и группы. М., 1867
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/usov1867_takson_edin_i_gruppy.djvu
очень интересный человек, один из немногих оригинальных теоретиков систематики в России

Шванвич Б.Н. Курс общей энтомологии. М.-Л., 1949
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shvanvich1949_kurs_obsch_entomol.djvu
Лучшее на русском языке руководство по морфологии насекомых. Хотя безмерно устарело

Беклемишев В.Н. Основы сравнительной анатомии беспозвоночных. Т. 1,2. М., 1964
http://biotechny.com/edulib/books/beklemishev_01_01.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/beklemishev_01_02.djvu

Беклемишев К.В. Зоология беспозвоночных. Методические указания. М., 1982
http://biotechny.com/edulib/books/beklemishev1982_zool_besp.djvu

Беклемишев В.Н. Методология систематики. М., 1994
http://biotechny.com/edulib/books/beklemishev1994_metodol_sistematiki.djvu

Кузин Б.С. Воспоминания. Произведения. Переписка. Н.Я. Мандельштам. 192 письма к Б.С. Кузину. СПб., 1999
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/kuzin1999_vospom_mandelshtam.djvu

Кузин Б.С. Упадок систематики (неопубликованная рукопись).
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/kuzin_upadok_sistematiki.djvu

Гурвич А.Г. Принципы аналитической биологии и теории клеточных полей. М., 1991
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/gurvich1991_prints_analit_biol.djvu

Белоусов Л.В. Биологический морфогенез. М., 1987
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/belousov1987_biologicheskiy_morfogenez.djvu
Знаменитая книга. Учебник
Белоусов Л.В. Введение в общую эмбриологию. М., 1980
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/belousov1980_vvedenie_v_obshzuyu_embriologiju.djvu
Белоусов Л.В. Проблема эмбрионального формообразования. М., 1971
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/belousov1971_problemi_embrionaljnogo_formoobr.djvu

Жерихин В.В. Избранные труды по палеоэкологии и филоценогенетике. М., 2003
http://edulib.no-ip.info/books/zherikhin2003_izbrannoe.djvu

Панфилов Д.В. Центры эволюции и исторические миграции биоты Земного шара. Научный дневник. М., 2005
http://edulib.no-ip.info/books/panfilov2005_tsentry_evol_chast.djvu
Панфилов Д.В. В мире насекомых
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/panfilov1969_v_mire_nasekomykh.djvu

Дробышевский С.В. Эволюция мозга человека: Анализ эндокраниометрических признаков гоминид. М., 2007
http://edulib.no-ip.info/books/drobyshevskij2007_evol_mozga.djvu

Разумовский С.М. Избранные труды. М., 1999
http://edulib.no-ip.info/books/razumovskij1999_izbrannoe.djvu

Белоголовый Ю. Живые растворы организмов. М., 1915
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/belogolovyj1915_zhivye_rastvory.djvu
Забытая эволюционная концепция - инволюция.

ну и россыпью
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/schwann1939_mikrosk_issl.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/aristotel1996_istorija_zhivotnykh.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/aristotel1937_o_chastjakh_zhivotnykh.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/aristotel1940_o_voznikn_zhivotnykh.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/bogoljubskij1959_proishozhd_i_preobr_dom_zhivotnyh.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1947_osnovy_sravn_anat.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1964_proish_nazemn_pozv.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1969_pronlemy_darvinizma.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1982_organizm.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1940_puti.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/shmalgauzen1968_faktory.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/lyubarskiy1975_derevorazr_griby_dv.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/ljubarskij2009_ist_zoomuzeja.pdf
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/ljubarskij1996_archetip.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/belintsev1991_fiz_osn_biol_formoobraz.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/bocharov1988_evolyuzionnaya_embriologiya_pozvonochnih.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/ber1950_istir_razv_zhiv_1.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/ber1953_istor_razv_zhiv_2.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/dondua2004_biol_razv_1_text.pdf
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/dondua2004_biol_razv_2_text.pdf
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/russkie_klassiki_morfologii_rastenij_1923.djvu
http://edulib.no-ip.info/books/krasilov1989_proish_evol_cvetk.djvu
http://edulib.no-ip.info/books/ivanitskij1996_vorobji.djvu
http://edulib.no-ip.info/books/razumovsky1981.djvu
http://edulib.no-ip.info/books/panfilov2005_tsentry_evol_chast.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/alekhin1986_teor_probl_fitotsen.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/kryzhanovskij2002_entomofauny_zemli.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/chernov1978_strukt_zhiv_nasel_subarkt.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/iordanskij1994_makroevoljutsija.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/severtsov1967_glavn_napr_eol_progr.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/teoriya_nomogeneza1928.djvu
http://biotechny.com/edulib/books/charlz_darwin_2010.pdf
http://biotechny.com/edulib/books/spenser1894_nedost_estestv_podbora.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/korzhinskij1899_geterogen_evol.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/goethe1957_izbrannye_soch_po_estestv.djvu
http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/sent-iler1970_izbrannoe.djvu

Чего еще не хватает в сети - на русском.
Обратил внимание: практически нет книг М.М. Камшилова по эволюции - там три хороших книги, если правильно помню, может быть, надо и больше.
Несколько книг Д.В. Панфилова.
Костина И.Л., Раутиан А.С., Раутиан Г.С. Сравнительная и эволюционная морфология окраски оперения птиц по материалам аберративной изменчивости - не знаю, где еще так нарисовано пространство морфологии
Р.Л. Берг
Кренке Н.П.
Сукачева есть http://www.forestforum.ru/info/history/sukachev.pdf http://herba.msu.ru/shipunov/school/books/sukachev1928_rast_soobsch.pdf но кажется это не всё, что можно хотеть
Раменский Л.Г.
Берг Л.С. - книжечка 22 года по теории науки
Декандоль издан в 19 веке, не переиздавался - и нет в сети

Что ещё?