Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2011-04-16 13:47:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
"ЭТЭ - не может проиграть"
[info]e_samusenko@lj:
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1620536.html?thread=81246520#t81246520
Западная наука не знает, что такое ЭТЭ - она называет соответующее направление в целом - ЭПИГЕНЕТИКА. Но оно развивается симимильными шагами.

Международный коллоквиум, «Достижения эпигенетики: В поисках новой модели сложности генома в науке и философии», Рим, 13-14 сентября 2005г.
http://www.mitpressjournals.org/doi/abs/10.1162/biot.2006.1.1.108

"Упоминаемый в настоящей статье коллоквиум в Риме – это одна из нескольких недавних встреч, посвященных изучению вопросов эпигенетики с экспериментальных, теоретических, философских и исторических точек зрения. В 2001 г. (уже не существующее) Исследовательское общество «Эволюция и сложность» (Evolution and Complexity) при университете Гента, Бельгия, провело междисциплинарную конференцию под названием «Контекстуализация генома: роль эпигенетики в генетике, развитии и эволюции», одной из целей которой стало отделение эпигенетики от генетики. (Ван Спрейбрек и др.,. 2002 г.) (Van Speybroeck)".

"Совсем недавно (в феврале 2006г.) в Центре исследования литературы, в Берлине, проходил симпозиум «От наследования приобретенных характеристик до эпигенетики» (Between Inheritance of Acquired Characters and Epigenetics), на котором рассматривались многие исторические и концептуальные взгляды на «возрождение эпигенетических исследований в биомедицине» (renaissance of epigenetic research in biomedicine)".

"Значительные усилия были направлены на то, чтобы дать определение эпигенетике (Лучано Терренато, Рим) (Luciano Terrenato) и эпигеномам (Валерио Орландо, Неаполь) (Valerio Orlando), и пролить свет на то, как же все-таки произошел раскол между генетикой и эмбриологией (особое внимание уделено роли Гольдшмидта, Шмальгаузена, де Бера, МакКлинтока и Уоддингтона) (Goldschmidt, Schmalhausen, de Beer, McClintock). В своем первоклассном докладе «Смещение понятий» (Conceptual Drift) Елена Гальяссо Луони (Рим) (Elena Gagliasso Luoni) подчеркнула, что «современный взгляд на историю концепций может понять только тот, кто принимает во внимание меняющуюся роль технологического аппарата и многофакторный, распределенный способ работы сети лабораторий в настоящее время. Важность концепции Уоддингтона об эпигенетическом ландшафте для исследования развития мозга яростно отстаивал Альдо Фазоло (Флоренция) (Aldo Fasolo). Ключевыми моментами коллоквиума стали анализ механизмов, посредством которых окружающая среда вызывает изменения при развитии органов (Скотт Гильберт, Свартмор Колледж) (Scott Gilbert, Swarthmore College), и доклад Буйатти (Buatti). Рабочее определение эпигенеза как «изменяющегося набора процессов, происходящих во время жизненного цикла, не был однозначно определен при рождении», данное Буйатти, предполагает «неоднозначность генома» (один геном может построить более одного фенотипа) и увеличение информации во время развития. По мнению Буйатти, энтропия информации (H) является полезным показателем вклада эпигенетики в развитие".

В деревне просто живем, не имеем никакого представления о том, что происходит в науке. А "она" мало интересуется, что происходит у нас, в том числе и ситуацией в ЭТЭ.

Я случайно увидел Ваш пост (редко, последнее время хожу в ЖЖ). Сделал вставку информации попавшейся под руку.

На самом деле мне удалось обнаружить целые залежи статей на тему "эпигенетики" (и ни одного упоминания о Шишкине, что печально). В том числе целые институты работающие в этом направлении.

Посвежее:
NATURE|Vol 441|11 May 2006 UNFINISHED SYMPHONY
“Deciphering the epigenetic code will illuminate some of
the most profound questions in biology.”
Stephan Beck

Существенных продвижек нет, но тема наплаву.
Мэйнстрим, конечно, не к ЭТЭ, а к возвращению Болдуина и Уоддингтона. Тысячи статей. В большинстве цитирются Шмальгаузен и Гаузе, Северцева не видел ни разу.
Свеженькая:

Waddington’s Legacy to Developmental and Theoretical Biology
Biological Theory 3(3) 2008, 188–197.

От Уоддингтона к ЭТЭ, в ее местном варианте, - один шаг, но его тоже кому-то нобходимо делать.

Совсем свежачок:

Biological Systems Theory Jeremy Gunawardena
Science 30 April 2010: 581-582.

Remarkably, Waddington’s intuitive conception was formalized by the French mathematician
Rene Thom, in what became known as “catastrophe theory” ( 7). This interdisciplinary
marriage was one of the highlights of the 1960s explosion of interest in theoretical
biology ( 8). Waddington is now an icon of evolutionary developmental biology, and the
concepts he introduced are central to the fi eld (9). As for catastrophe theory, it has had its
fans as well as its detractors, but its biological roots are rarely remembered. Waddington
and Thom did not know the molecular details, and their mathematics could not be guided by
experiments and data. That is what distinguishes the systems biology of Shinar and
Feinberg from the theoretical biology of the 1960s. Now that many of the molecular components
are known, we can start to explain how robustness emerges from molecular mechanisms (1, 2, 4, 5).

Свежее некуда:

Molecular Signals of Epigenetic States Roberto Bonasio, Shengjiang Tu, and Danny Reinberg
Science 29 October 2010: 612-616.


(Добавить комментарий)


[info]kouprianov@lj
2011-04-16 07:47 (ссылка)
Северцев симинит симимильными шагами...

(Ответить)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-16 18:38 (ссылка)
Можно наивный вопрос? Я эпигенетикой занимаюсь как честный молекулярный редукционист и любой синтез с СТЭ для меня естественно рассматривать только в качестве дополнения к стандартной поп. генетике, а не как альтернативу. Уоддингтона очень почитают, но, в общем, это все видится как симпатичная метафора без внятныx экспериментальныx предсказаний. Упомянутые статьи смотрят на эпигенетику именно таким же образом.

С работами Шишкина я не знаком совсем. Что имеет смысл почитать, у него или у другиx?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-16 19:07 (ссылка)
Поскольку сказал невнятно -- "таким же образом" не в смысле, что нет экспериментальныx предсказаний, а в смысле, что эпигенетика -- часть вполне себе редукционисткой программы. Есть вполне себе Шишкинообразные работы типа Сюзан Линдквист о различной канализации развития. При этом вполне популярная точка зрения, что вся вариативность эпигенетики кодируется в ДНКе (Д.Моазед пропонент этой точки зрения).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-04-17 01:12 (ссылка)
ну, если Вы знаете, что шишкинообразно, а что - нет, то к чему же Вам ссылки? Вы уже знаете это

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-04-17 01:11 (ссылка)
известные вещи -
http://www.evolbiol.ru/shishkin.htm
http://www.evolbiol.ru/shishkin2.htm
http://www.evolbiol.ru/grodnitsky.htm
http://macroevolution.narod.ru/shishkin.pdf
http://macroevolution.narod.ru/shishkin01.htm

не думаю, что надо. Ничего, кроме метафор, не найдете, как мне кажется. То есть при таком подходе читать эпигенетику - просто время тратить

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-17 12:18 (ссылка)
Спасибо за ссылки.

Мне кажется, тут имеет место некоторая терминологическая путаница. Упомянутые в посте ссылки на конференции и публикации в Сайенс имеют в виду эпигенетику, объектом исследования для которой служат явления типа инактивации Х xромосомы.

Примерно этим же и занимаются упомянутые Вами институты. Я так понимаю, что Вы под эпигенетикой понимаете нечто другое, такое, чему работы того же Райнберга ортогональны. Коль скоро это действительно так, то я не знаю, насколько имеет смысл упоминать Райнберга, поскольку он занимается не "этим".

Кроме того, я пытаюсь понять для себя, нет ли все же чего взаимно полезного в этиx двуx эпигенетикаx. Впрочем, и Вы и manpupunera чуть ниже в один голос говорите, что смысла в такой попытке нет. Вероятно, вам лучше знать :)

(Ответить) (Уровень выше)


[info]manpupunera@lj
2011-04-17 09:49 (ссылка)
Да уж... Если желаете "лягушек резать", то Вам точно с эпигенетикой не по пути, не снимая пальца с пипетки вряд ли можно что-то полезное сделать в этой области :)))
Ну да уж если любопытствуете, вот Вам вполне экспериментальные эпигенетические работы, в которых подвергаются проверке некоторые теоретические положения.
http://www.maikonline.com/maik/showArticle.do?auid=VAFU508KZ5&lang=ru
также более подробно можно найти в библиотеке Шипунова http://herba.msu.ru/shipunov/school/sch-ru.htm

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-17 12:09 (ссылка)
Мне кажется, у нас с Вами имеет место некоторая терминологическая путаница. Упомянутые в посте ссылки на конференции и публикации в Сайенс имеют в виду именно резьбу по лягушкам. Грубо говоря, объектом исследования для этой эпигенетики служат явления типа инактивации Х xромосомы. Я так понимаю, что Вы под эпигенетикой понимаете совершенно другое, такое, чему работы того же Райнберга совершенно ортогональны и уж точно бесполезны.

Во-вторыx, я пытаюсь понять для себя, нет ли чего взаимно полезного в этиx двуx эпигенетикаx. А во-первыx, я xотел просто отметить, что раз этот дуализм имеет место, то я не знаю, насколько имеет смысл говорить, что целые институты работают в "этом направлении".

(Ответить) (Уровень выше)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-17 12:34 (ссылка)
Да, за ссылки, наверное, спасибо. Они получились вроде xокку на тему бесполезности :)
Маик мне недоступен, а по второй сслылке целая библиотека с книгами вроде "Книга о слонах. М., 1964". Это любопытно, но таки ортогонально эпигенетике :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]manpupunera@lj
2011-04-17 14:36 (ссылка)
Да уж, польза - понятие операциональное... :)))
Под эпигенетикой я понимаю в широком смысле науку о том, как передаваемая в поколениях информация может влиять на жизнедеятельность и онтогенетическое развитие отдельных организмов. При этом я сейчас затрудняюсь определить, стоит ли включать в эпигенетику этологию и иммунологию, т.к. такой способ передачи информации по наследству серьёзно отличается от способов узко генетических, по видимому имеющих сугубо молекулярный уровень. Если рассматривать несколько более широко, то частью эпигенетики будет и популяционная эпигенетика, в таком случае предметом будет не только программы онтогенетического развития, но и филогенетического, имеющего отношение к эволюции. Я осознаю, что под эпигенетикой часто понимаются очень разные вещи, например встречал предельно узкое трактование как науку о трансляции информации с ДНК к построению белков, то есть все остальные уровни эпигенеза (метаболизм первичный и вторичный, мембраны, органоиды, клетки, ткани, органы, организмы, популяции) отбрасывались как недоступные для понимания на современном уровне развития биологии, что на мой взгляд не обосновано. Но это, как я понимаю, предельные маргинальные варианты понимания эпигенетики. Большинство очерчивает границы этой дисциплины где-то внутри этих пределов.

Конкретно я привёл в пример работы А.Г. Васильева с соавторами:

Васильев А.Г. Эпигенетические основы фенетики: на пути к популяционной мерономии.
Екатеринбург: Изд-во «Академкнига». 2005. 640 с.
А.Г. Васильев, И. А. Васильева, В.Н. Большаков Феногенетическая изменчивость и методы ее изучения Екатеринбург, Изд-во Уральского университета, 2007
Васильев А. Г., Васильева И. А. Гомологическая изменчивость морфологических структур и эпигенетическая дивергенция таксонов: Основы популяционной мерономии. М.: Товарищество научных изданий КМК. 2009. 511 с.

В библиотеке Шипунова эти книги есть в ПДФ формате, их можно скачать без ограничений. Желаю успехов!

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]anatol_olegych@lj
2011-04-17 20:07 (ссылка)
Спасибо за подробные ссылки.

Да, это интересно, что такие разные определения. Где-то даже и не оптимально, наверное, говорить всей этой толпе, что они не знают, чем они занимаются, и что им надо бросить пипетки :) Пожалуй, что в понимании этой толпы (к которой и я принадлежу), Э. - наука о том, каким образом клетки отличаются друг от друга (а генетика - о том, каким образом друг от друга отличаются организмы).

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]manpupunera@lj
2011-04-17 21:20 (ссылка)
Соглашусь с Вами, говорить толпе такие вещи, да ещё призывать что-то бросить - неблагоразумно, бросить-то могут и в тебя ненароком :) В мэмориз Ваши оригинальные определения генетики и эпигенетики, такие мне ещё не встречались. Очень оригинальный подход "каким образом друг от друга отличаются...", никогда бы в голову такое не пришло.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]manpupunera@lj
2011-04-17 14:41 (ссылка)
Вот ещё под руку попался неплохой сборник сибиряков
"Эпигенетика растений": Сб.науч.тр. Новосибирск: Ин-т цитологии и генетики СО РАН, 2005. 373 с.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-04-17 14:49 (ссылка)
а в сети где-нибудь есть?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]manpupunera@lj
2011-04-17 14:57 (ссылка)
Не знаю, у меня бумажный, может быть Шипунов, спаситель наш, припас?

(Ответить) (Уровень выше)