UPD: Немного подумав, вынужден согласиться с barson@lj (а также artais@lj и uxus@lj): правильный ответ – именно «да», и никакие критерии при этом не падают. В филогенетических линиях наследуются не молекулы и атомы, а порядок их расположения, информация (если еще можно вредставить себе, что в теле потомка присутствуют индивидуальные нуклеотиды из тела предка, то у двух потомков одного предка точно нет ни единого общего атома, так что материальной связи между ними нет). А если информация – тогда какое нам дело до того, что на каком-то этапе она была переписана на другой носитель (или даже перекодирована), а затем снова переведена в стандартный вид? Тогда действительно все товарищи ученые со всеми их секвенаторами, компьютерами и генными пушками – не более чем альтернативный способ репродукции бактерий. И у штамма-гомункулюса предки и родичи ровно те же, что и у его естественного двойника. А значит, они – один вид по всем критериям.

Вот если бы в самом деле делали что-то свое, а получилась бы тварь, совпадающая с уже существующей с точностью до последнего нуклеотида внутрипопуляционной изменчивости... Этакие беляевские лисички на молекулярном уровне.

Это решение напрашивается. Однако за ним следуют совсем интересные выводы.

Поделитесь?

Посмотрите, какие концепции вида есть. Одна - вид как индивид - упирает на телесный контак что вид это природное тело. Материальные взаимодействия - а у других таксономических рангов, мол, этого нет. Другая - эволюционный вид - на генеалогию, со всеми случайностями. Филовид - тождество в рамках схематизма кладограммы. Вы приходите к концепции геновида - главное - тождество в коде. Но ведь в геноме будет туча "лишнего", и не только интроны. Потеря незначащего участка - важна? Придется разрабатывать представление о типе генотипа - который бы гарантировал тождественность. Причем на чисто-молекулярном уровне ответов не будет. придется подниматься выше - к кодируемым белкам, функциям в клетке и далее к организму в целом. В пределе это апелляция к морфологии, причем понятой как структурно-функциональное единство, как выполняющая некую работу структура. Этакий динамический тип. Для бактерий это Заварзин с его экологическими группами, для эукариот - это нечто типологическое. То есть там на выходе будут совсем непопулярыне взгляды, хотя кажется, что ход - тривиальный.

Ну да, это конечно. Но это все развилки старые, и появление бактерий-гомункулюсов тут ничего не меняет.

Вы приходите к концепции геновида - главное - тождество в коде
Я, собственно, ни к чему не прихожу. А против абсолютизации кода есть прямой аргумент: существование неограниченно воспроизводящихся клеточных культур. Причем даже не упомянутой тут HeLa (которая все-таки имеет некоторые генетические отличия от нормального человеческого генома), а самых обычных, ни разу не мутантных, скажем, фибробластов. Генетически они неотличимы от Homo sapiens. Ну и кем их считать - жизненной формой человека? стадией жизненного цикла?
Тут-то и выплывает то, что Вы называете "апелляцией к морфологии". Хотя, на мой взгляд, и она не спасает от противоречий. Увы.

Как я понимаю, раньше та часть информации которая говорила о происхождении была очень важной в определении вида.
Мы говорим информация нематериальна, выкидываем этот кусок информации из определения.

Интутивно приходит в голову, что вид -это тенденция существования совокупности организмов, сохраняюшая в ряду поколений стрктурно-функциональное единство.
хотя глупость наверное, но для себя понять

да, обычно примерно так говорят