Применяются, так бывает. При незаданности (что неравнозначно отсутствию) области определения часть применений оказывается некорректной. Что хуже, сам предмет разговора становится неопределенным: каждый молчит о своем, почитая свое всеобщим.

Вы не пытаетесь продвинуть представление о виде, как абсолютном таксоне (упаси меня боже от такой гипотезы), но: в данной дискуссии Вы его используете де-факто.
1. неотличимые от уже существующих форм. ... Являются ли эти искусственные бактерии одним видом с существующими издавна на планете?
2. Теперь искусственный штамм и естественные организмы различимы. Они относятся к одному виду или к разным?
3. Смысл понятия вида - необходимость делать предсказания. По одной особи судить о свойствах миллионов других, никогда не виданных особей.
(Кстати, не кажется ли Вам между делом, что в п. 3 Вы сами ответили на вопрос п. 1?)

Понятие вида - это абстракция. Очень часто полезная и хорошо отражающая реальность. Иногда, мягко скажем, не особо. Когда мы сравниваем, скажем, биологию Ursus arctos и Ursus maritimus, эта абстракция работает в полный рост. Если же мы начинаем говорить об организмах, различающихся одним молчащим участком ДНК, мы подпадаем под обаяние этой абстракции, столь хорошо зарекомендовавшей себя на других объектах. Увы: она тут неприменима.
Между всем прочим как только мы сталкиваемся с практической задачей, не требующей граничным условием разрешения вопросов видового статуса, так сразу возникают вполне определяемые и работоспособные понятия клонов, штаммов, линий et cetera.

Вы интересуетесь (ниже), что именно можно придумать?
Мой вариант ответа - ограничить применение понятия вида теми задачами, в которых оно работает. И теми группами, в которых оно имеет смысл.
Как-то так.