Как я понимаю, естественно почитав сначала немного - Биологическая систематика: эволюция идей.Надо будет полностью прочитать.
Естественная система не при чем-это больше эвристический принцип или миф, часть мифа.
Выхода два нужно либо разрабатывать понятие вида исходя из понимание его как части целого например биоты, следовательно, нужна теория биоты, а она в свою очередь должна расматриватся в рамках еще более обширной системы.
Мы очень хорошо определим вид, но проблемы начнутся с биотой, в пределе мы мир должны представить как систему и дальше вложенные матрешки.
Тут Вы понимаете есть сильные возражения, нужна теория как наблюдатель включенный в систему может составить понимание этой системы.

Тут нужно как то радикально обьединять мир и познающего субьекта, я то считаю что многие вещи у нас незаслуженно разделены как например воспитание и образование или вот недавно говорили о долге врача, это хоть далекие на первый взгляд но взаимосвязанные вещи.Человек целостен и разделять многие вещи нужно только для нового синтеза.

Можно конечно шашкой с плеча.
<Глаз видит дерево. Дерево — в мире и мир. Но глаз, видящий мир, — тоже мир. Было бы любопытно послушать шутника, отказавшего бы ему в этом. На этой вот простой очевидности (или, по Ницше, «оскорбительной ясности») рушатся философии и лопаются умы. Дело не в том, чтобы понять ее. А в том, чтобы выдержать ее последствия. Если глаз, видящий мир, есть и сам — мир, то мир не только видим, но и видит. К. Свасьян.>>>

Но уж больно резко, не хватает различения, а без него на мой взгляд познание задохнется, надо что-то вроде ступеней развития сознания,изучать.

Второй вариант это введения понятий типа видовость и понимания отдельных видов, как частных реализаций этой идем, общего принципа, выстраивание заново системы общих понятий, теорию идеальных систем и их развития.

Но как я понял в науке, даже разговоры на такие темы запрещены, помню как уважаемые люди атаковали Свасьяна, какое право имеет разговаривать о науке, того и гляди за философию, начнут из науки выгонять.
Однако есть и другое наука так отрывается от нужд человеческого существования, что становится уделом страных людей с дикой этикой основанной на генах, то есть картина мира, становится настолько невменямой, что не знаю у меня уже огромное количество знакомых в последние годы, молодых людей бегом бежит в церковь.

Вот кстати
<<Очень даже по теме,все так,современная цивилизация так и делит людей на «гопников» или импотентных «ботаников» способных только вздыхать и пускать слюни на концерте классической музыки или закатывать глаза в картинных галереях.
Чем нас пичкают в школе? Мертвыми синусами да косинусами,которые мы никогда не применяем в реальной жизни,ибо они неприменяемы,потому что абстрактны и мертвы или кормят унылой, хрестоматийную литературой на подобии «Отцы и дети» от которой тошнит.
Зато о природе мы не знаем практически ничего, ни названия растений и трав,ни их свойства и качества.Мы не умеем распознавать изменение погоды,не знаем свойства и качества ветров и облаков, мы не знаем ни свое собственное тело, ни нашу психику ,не умеем ни контролировать и управлять собой,ни лечить себя.
Мы лишены настоящего,живого,природного знания ,а тот суррогат который нам впаривают в школах и в институтах,то мертвое и унылое говно,которое гордо называют «Знанием»,не есть знание,это пародия на знание..>>>
http://nietzscheana.livejournal.com/47493.html

Полностью согласен с вашей позицией. К счастью, разговоры на такие темы не запрещены. Правда найти финансовую поддержку для серьёзной работы в области теоретической биологии сложно. Поэтому многие биологи, исследующие теоретические аспекты этой научной проблемы, делают это попутно, факультативно к своей оплачиваемой экспериментальной работе. Соответственно не так много площадок для обсуждения, в России есть ЖОБ, но его не достаточно, в зарубежье ситуация аналогична, обсуждаются в основном отдельные монографии, отдельные идеи, практически не совместимые друг с другом кружки их приверженцев, поэтому и складывается ощущение маргинальности теоретической биологии в целом.