"Введение в современную филогенетику" И.Я. Павлинова. М., 2005.
Так получилось, что хороших обзоров по филогенетике на русском очень мало. Наука эта быстро развивается, чуть не каждые 10-15 лет меняя облик, в ней происходят бурные споры и то, то еще вчера было последним словом, завтра – уже устаревшие взгляды. Но старт этому быстрому развитию был дан в 60-е, с переводом книги Геннига на английский, а в России кладистика долгое время считалась чуждой методологией – и лет на 20 мы опоздали. Сейчас множество ученых из России занимается разными областями филогенетики в других странах, и есть еще несколько человек, которые работают здесь.

На английском есть несколько десятков очень известных книг, которые «должен знать каждый» (Уайли, Феррис, Плэтник, Нельсон, и Акс, и Элдредж…. и Фельзенштейн… и… всех не запомнишь, всех не прочтешь), а на русском и почитать особо нечего. Но вот – теперь есть.

Раньше я писал о книге Скворцова (http://www.livejournal.com/users/ivanov_petrov/205242.html), что это хороший образчик мейнстрима 80-х. Книга Павлинова – образчик мейнстрима 2000-х, и тоже в этом смысле весьма хороша. Автор прямо говорит, что описывает постмодернистскую науку. Над ней принято смеяться, полагая, что – сплошная болтовня. Но когда постмодернизм работает в естественных науках, весьма эмпиричных – интересно поглядеть, как выглядит с позиций методического плюрализма эволюционная биология.

Эта реальность современной науки может нравиться, может – нет. Мне, например, многое в ней не нравится. Но реальность такова. От нее нельзя отмахнуться и сказать: это болтовня. Других профессионалов нет (ну, почти). В книге Павлинова – рассказ о эволюционной биологии с точки зрения современного профессионала.

Потому и интересно проследить судьбу принципов, за которые в ЖЖ ломаются копья. Скажем, пресловутый принцип экономии. Большинство тех, кто его отстаивает – математики, программисты или еще кто с математическим образованием. Они доказывают свою позицию тем, что она ясная, простая, отвечает научной методологии, не страдает субъективизмом. Их противники упрекают их в бессодержательности… Я не о разговорах в ЖЖ – точно то же происходит в филогенетике вокруг споров о парсимонии и допустимой мере закладываемых в филогенетическую гипотезу экономных процедур.

Дело в том, что, если ученый принял, что эволюция идет случайным образом с использованием всех принципов экономии, он на выходе получает модель такой эволюции. И – пожалуйте бриться. Крайне трудно или даже невозможно показать (этому ученому), чем его модель плоха. Люди, в большей мере знающие материал, думающие о морфологических закономерностях эволюции, пытающиеся представить взаимодействие видов в ценозах, пути эволюции биоты и все это предметное знание уложить в филогенетические гипотезы, получают более содержательные модели. Они интереснее, но с точки зрения математиков – это не наука, а скопление чьих-то интуиций, которые ни доказать, ни опровергнуть… Так и движутся гипотезы, сменяя друг друга.

Математики привыкли создавать собственные миры и назначать им законы. И они «знают», как должен работать принцип экономии. А естественники, скажем даже – натуралисты – живут в мире, не человеком созданном, и тоже знают, с какой осторожностью нужно вводить гипотезы экономии. Потому что задним числом, сэкономив, уже ничего в мире будет не понять. Вот и спорят… Естественники тоже верят в принцип экономии, но иначе. Зачем, если есть хорошее простое объяснение, городить другое, более сложное? Дел и без того невпроворот.

Беда в том, что мир устроен не просто. Это фундаментальный принцип новой науки – мир не прост. И поскольку речь идет об эмпирии, принцип экономии может опровергаться. Скажем, принцип экономии диктует: эволюция идет минимальной траекторией, параллелизмов в ней нет. А на практике – вон сколько случаев параллелизма. Как же можно запихивать в компьютерный алгоритм избегание параллелизмов, когда есть масса случаев доказанных параллелизмов? Такая модель результат-то выдаст, да цена ему какая? И вот эмпирики – тоже с чувством экономии – начинают искать, какую долю параллелизмов можно заложить в модель, какая степень избыточности модели перед экономным алгоритмом соответствует реальной эволюции… которая никому натурно не дана, и потому все это – борьба гипотез.

В этой книге автор стоит на позиции принципиального плюрализма. И старается с равным сочувствием излагать всех. Изложить все рациональные аргументы, которые выкладывают на стол сторонники того или другого лагеря. Он стремится их перечислить и принять – и посмотреть, что получится, если оставить в стороне агонистические эмоции.

Конечно, это только общие слова, мало что способные прояснить. В книге – гораздо подробнее. Но и там «живого мяса фактов» читателю не найти. Книга под 400 страниц, а было б там «мясо» - 4000 было бы мало. Книга о методологии и методах. Сначала очень большой раздел «про философию» - онтологические картины мира, эпистемические допущения и т.д. Это те киты, на которых стоят методологии – а их несколько, и люди спорят меж собой, забывая, что у них разные модели реальности. И вместе им не сойтись… И вот Павлинов пробует прописать эти самые модели реальности, чтобы споры, по возможности, шли словами, а не эмоциями, и в большей мере – рациональными аргументами.

Вслед за толстым разделом эпистемологии – методология, общие ухватки, вытекающие из той или иной эпистемической позиции. Тут и кладистика, и филистика, кладистика классическая и несколько современных, и генофилетика… За этими названиями – все направления, которые сейчас есть. Старые уже на сегодня нумеристы не забыты, упомянуты. Сторонники молекулярных часов – здесь. Гибриды кладистики и молекулярной биологии – тут. Обо всех сказано. Указано на слабые места – вот этим вот грешит и тем хромает, скажем, молекулярная филогенетика. Зато у нее вот здесь сильные стороны, которыми она долбит своих противников.

Последний раздел – собственно методы кладистики. Не столько для практического применения, сколько для тех, кто пока мало в этом понимает, и кому надо научиться понимать слова. Кстати, в конце книги – словарь филогенетической терминологии. Вот и методы – говорится, что необходимо, чтобы использовать тот или другой, чем отличаются у них результаты. У автора раньше вышли более «практические» книжки, так сказать, самоучители по кладистике – типа, берем программу Paup, вот сюды заливаем в нее базу, а отсюда – смотри! – лезет бумага с кладограммой. А в этой книге – нечто с одной стороны более простое, объясняющее слова, а с другой – более философское, объясняющее мысли.

Опять же, мне лично многое из сказанного совсем не нравится. Но профессиональное сообщество сейчас думает именно так. То есть – поскольку школ и непримиримых направлений несколько – оно думает именно таким разнообразием. Написана книга бойко, даже, пожалуй – просто. Мне показалось, что и непрофессионал читать может.