> без клонирования, конечно, не обойтись...
C PI и APT1 (аденозин-фосфотрансфераза, контрольный ген для проверки качества и концентрации РНК) обошлись. Хотя Вы правы, это скорее исключение.

> Но по Spinaceae статья совсем свежая - т. е. если сделать выравнивание только по
> кариофилидам - это 100 процентов поможет

С AP3 ситуация не в пример сложнее. Например, ставшее уже общим местом утверждение о том, что AP3 Arabidopsis и DEF львиного зева — ортологи, строго говоря, неверно, как из работ той же Крамер следует: первый — линия eu-AP3, второй — paleo. А что там у гречихи, как знать, вполне может быть, что и не то же самое, что у маревых и гвоздичных.
Впрочем, с AG ситуация ещё хуже,и это при том, что гомолог AG у гречихи вроде бы секвенирован..
Ничего, прорвёмся:)

> потом, праймеры не надо делать "на глаз" - все-таки лучше исп. программу

праймеры надо делать именно "на глаз" — предварительно долго и внимательно смотря на множественное выравнивание, ориентируясь не только на нуклеотидную, но и на аминокислотную последовательность, выбирая для 3'конца максимально консервативные участки... ну и т. д., да Вы и сами это знаете наверняка. А потом, конечно, программы — проверить возможность образования шпилек, димеров, соответствия Т отжига... Так что если Вы это имели в виду, то я полностью согласна, а если просто подсунуть программе типа вот этой (http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer), то нет.

> Ай, просветили...
Ну вот Вы так удивляетесь,что я эти статьи читала, вот и создалось впечатление, что Вы об этом не знаете:) Извините, "раскаиваюсь, раскаиваюсь, прошу дать возможность загладить". ©

> Солтисы - прекрасные ученые
А Вы, случайно, с ними не сотрудничаете?:) Просто интересно, я знаю одного ботаника из МГУ, который уехал к ним работать.
Согласна, что них очень хорошо поставлена работа, много интересных данных, но, как я уже сказала, если кто и идиотизирует АВС-модель, так это они. Нельзя судить о функции гена только по паттерну экспрессии.

> "орган определяется спецификой ген экспресии"
А всё-таки, всё-таки (рискуя снова нарваться на уже прозвучавшие упрёки в дурости) — чем же он определяется, если не ею?

"Хотя Вы правы, это скорее исключение"

PI я также взял без клонирования, но от минимальной неспецифики (я только
по первой хроматограмме понял, что она есть - гель хороший был) удалось избавиться благодаря тому, что я точно подобрал высокую температуру плавления, поиграв с ПЦРным градиентом - так, конечно, не всегда получается

"предварительно долго и внимательно смотря на множественное выравнивание, ориентируясь не только на нуклеотидную, но и на аминокислотную последовательность, выбирая для 3'конца максимально консервативные участки"

это понятно - мерзость - именно мерзость в том, что на глаз Вы не всегда подберете 2 праймера, которые сплавляются в одном диапазоне - т. е. праймер - хороший и консервативный - даже если 3 прайм нормально сидит относительно хода кодонов - может не работать. я недооценивал этого сам - нормальные же программы подбирают нормальный температурный интервал - я уверен, что это серьезная опасность - а так до прошлого года разделял Ваше пренебрежение к программам дизайна - вообще, считал маразмом - а что - "главное, хорошо выровнять". это все не так, на самом деле...

"А что там у гречихи, как знать, вполне может быть, что и не то же самое, что у маревых и гвоздичных"

это все - фигня, пока Вы не попробывали нормальное выравнивание именно
по данной части цветковых - попробуйте "в лоб" сделать, как я сказал - т. е.
временно "начхав" на Крамер и соотв. проблемы - тупо выровняйте все известные кариофилиды (вкл. шавель, шпинат, гвоздику - т. е. то, что есть), сделайте дизайн праймеров по кускам (машиный, если получится, либо на "глаз"), сплавьте все при низкой температуре, клонируйте, секв. - и сделайте BLAST, как положено. это 3-5 дней работы - и не так дорого - я уверен, что Вы поймаеете. Непременно берите щавель и пр. (то, что в выравнивании) в кач. контроля - и еще - гречиха не монотипна - т. е. можно взять несколько видов, если есть свежий материал - с гербарием ничего не выйдет

нет, я не с Солтисами работаю

"чем же он определяется, если не ею?"

А чем определяется ген, экспрессия?

петров -иванов