Несколько слов о выделении объекта исследования
Были недавно разговоры... Сказать это совершенно отчетливо трудно, проблемой этой на формальном уровне почти не занимаются. Я попробую набросать два подхода к теме - как это обычно решается.

Первый способ сейчас наиболее известен, исходно свойствен математизированным наукам (сразу - моя точка зрения: это большая ошибка). Проговаривается так: не слишком важно, что мы выбираем в качестве объекта с самого начала. Там работают некоторые базовые интуиции из обыденного опыта, из нашей биологической истории, из истории науки - но это можно не рассматривать. Важен механизм проверки. Мы строим модель объекта, выводим следствия, проверяем. Если не сходится - меняем представление об объекте, выводим следствия, проверяем. Тем самым правильно выделенным объектом исследования называется та модель, проверки которой не опровергнуты - и при этом достаточно плодотворны, намекают нам на интересные новые следствия и т.п.

Второй способ сейчас забывается, поскольку по происхождению это - способ естествознания как науки об изучении естественных тел. Проговаривается примерно так: после того, как мы выделяем объект исследования, у нас остается очень немного способов проверить истинность такого выделения. Сам способ рассуждения, само описание картины мира, объекта, среды и т.п. будет возврщать нас к мысли о том, что объект выделен правильно. Можно выделить в качестве объекта дырку от бублика и чудесным образом изучать ее свойства: форму, пропускную споcобность и т.п. Мы не можем в рамках принятой модели отыскать основания, чтобы признать, что наблюдаемые нами следствия и свойства объекта принадлежат не ему, а его окружению - стенкам дырки от бублика. Поэтому процедура гипотетико-дедуктивная, безразмерная, - применяется в другом месте научного исследования, она работает, но не там, а объект должен выделяться иным формализмом.

Высказать эту стадию научного исследования вкратце не удается: именно потому, что вот уж 300 лет наука идет другой дорогой, уже позабыты и те слова, которыми здесь следует говорить. Можно сказать лишь немногое: для выделения объекта науки в биологии придумана целая наука - систематика, цель которой - правильно выделить объект для других наук, отличить части от целых (морфология, есть говорить строго), одно целое от другого, фрагмент от целой системы. Дело не в том, что физика должна копировать систематику у биологии - но соответствующий методический подход должен предшествовать любой естественной науке, в противном случае она теряет свойство "естественности".

Выделение объекта исследования - на деле столь же объемистая часть научного метода, как проверка истинности гиптезы. Она включает и результаты проверок в рамках гипотетико-дедуктивного метода, и представления о цели исследования, которые требуется отдельным образом формализовать - и представлять себе "пространство целей", иначе даже выделение цели данного исследования ничем не поможет, и методы описания морфологии объекта, классификации частей, сравнение объекта и среды. Может оказаться, что воспринимаемое как объект есть артефакт описания и сводится к набору признаков, которые могут принадлежать совсем иначе мыслимым объектам.

Напрашивающийся вопрос - а отчего же тогда в физике дела обстоят столь замечательно, отчего же это в биологии стало все так хорошо, когда она бросила свои старые глупости и стала исследовать живое физическими методами - имеет простой неответ: это на деле вопрос о непостижимой эффективности математики. Оно так вот есть - и отвечать на этот вопрос - о действенности физических способов исследования - можно, но не запросто. До ответа, скажу так, надо дожить. А пока - только констатирую: есть два полярных метода выделения объекта научного исследования. Победил - давно уж - один из них. О другом мало что можно сказать.