Ага, ну вот я и дорешал проблему.

Оказалось, что виной всему мой ~/.xinitrc! Дело в том, что xinit подпёрт для ConsoleKit в нескольких местах. Одно из таких мест -- запуск бинаря ck-xinit-session, который делается в /etc/X11/xinit/xinitrc-common, который сорсится из /etc/X11/xinit/xinitrc.

Так вот, если есть пользовательский ~/.xinitrc, то /etc/X11/xinit/xinitrc уже не используется (решает, что использовать, а что нет, скрипт startx), соответственно ck-xinit-session не вызывается, и ConsoleKit ничего про иксы не знает.

Фикс в моём случае такой:

mv ~/.xinitrc ~/.Xclients
chmod u+x ~/.Xclients