Во студенчестве честно доскрябывалась до нескольких преподов с этим вопросом. Мнутся и говорят: "ну в общем это примерно одно и то же". Тем не менее у меня сложилось следующее представление:
филолог - изучает языки вообще, плюс какой-то конкретный язык (или несколько), глубоко-глубоко при этом зарываясь в теорию.
Лингвист - более прикладная специальность. Вот я - лингвист-переводчик, меня учили языкам для того, чтобы я могла переводить, и в необходимом для этого объёме. А знакомый мой дяденька филолог учил ещё и латынь, и - на выбор - один из восточноевропейских языков, и церковнославянский, и староанглийский, а в русском филологи забираются в зубодробительнейшие грамматические дебри.
В общем, филолог - это шире. И глубже. А лингвист - это практик, работающий с языком.
Имхо-имхо-имхо. Рада буду, если меня кто-нить поправит.