Ну? Давайте поправим с Вашей помощью - никаких проблем. Что именно неудобно?

Ну, навскидку:
1) невозможность переноса домена, если в качестве контактного адреса указан емейл с этого домена. Т.е. нельзя создать площадку для домена, который в почтовом адресе указан.
Логично сделать так, что если есть второй контактный адрес, то перенос домена можно осуществить.
2) невозможность заведения произвольнхы доменов на mastertest.ru.
Т.е. flogiston.mastertest.ru - нельзя, а flogiston.ru.mastertest.ru - можно
Это не вполне удобно.
3) ограничение на размер файлов, с которыми работает ПХП. У меня с тех пор корректно не работает spesta, и при импорте данных в textus мне пришлось сильно извращаться, поскольку у меня сайт содержит много данных, которые одним фалом занимали больше 5мб. Возможно ли сделать работу с большими файлами хотя бы по запросу?
4. желательно дублировать информацию о действиях суппорта в контрольной панели (где статус заявки написан) - не всегда есть доступ к почте. Т.е. если заявка удалена, то пусть хоть причину напишут.

1. Объяснение самое простое. Если что-то случится с доменом (не будет делегирован, либо будет куда-то переноситься) то будет невозможно сообщить клиенту о проблеме.
Самый простой способ - просто добавить к е-мейл из данного домена ЛЮБОЙ другой, хоть с бесплатного почтовика. Смысл не в том, что там должен быть единственный адрес, причем "не с этого домена", а в том, чтобы был дополнительный канал связи.

2. Если попросите - сделаем. Проблема то ;)

3. Решается за 10 минут путем пересборки ПХП, описание на сайте есть. Не справитесь сами - письмо на суппорт, соберем. Если наш собранный ПХП подходит, то просто копируем php.ini к себе + бинарник PHP, правим ограничение на размер на тот, который нужен. Все. Далее работаем с ПХП как cgi.

4. Ага. Понятно. Думаю, это вполне решаемо. Просто никто не просил раньше ;)