Я как-то не уверен, что преступления Марии были реальнее и опаснее, чем преступления её внука. Тем более что доказательства были предоставлены банальным agent provocateur.
Не случайно Елизавета, если верить Шиллеру (а по другим источникам вроде так же) до последнего момента колебалась, ясного приказа о казни так и не отдала - а когда неявный выполнили, впала в истерику и чуть не свернула шею секретарю.
Естественно, она понимала, что современники и соотечественники её без сомнения одобрят; единственное объяснение такой нерешительности - дальновидное нежелание создавать прецедент.

Снизу - да, Карл был в христианском мире первым, и это тоже безусловно была ломка стереотипа "монарха не судят подданные" - но стереотип "монарха не судят и равные" сломали раньше.

Публично, не публично - не вижу особой разницы. В наиболее интересном для нас случае императорскую семью расстреляли вполне приватно.