Ну, все-таки нет, мне кажется. Нет тут неуважения к чужой свободе ни в одном из случаев.

С ректором все в порядке, он занят своим делом. Есть свобода курильщика курить, а есть свобода некурящего не дышать табачищем. В обязанности и полномочия ректора входит эти две группы развести. Издавая приказ о запрете курения в помещении вуза, он это и делает, как может. Полный запрет лично мне кажется не совсем удачной мерой, но курильщики могут против официально изданного приказа официально же протестовать. Сотрудники в принципе на него и в министерство пожаловаться могут. Или коллективно заявление об уходе подать, что он будет делать? В общем, есть всякие способы борьбы трудового коллектива с начальством. Так что ректор играет жестко, но честно. Если он напортачит, он будет отвечать. Вот, если он, поймав Вас в коридоре с куревом, в отместку начнет на защитах долбать Ваших аспирантов, то это будет уродство.

А преподу хочется, чтобы к нему относились уважительно, причем в его понимании. Это нормально, и любой человек, у которого есть хоть какие-то "яйца", этого так или иначе пытается добиться. Просто такие вещи люди, которые чего-то стоят, делают за свой счет.