Смешно но именно партийные выборы позволяют пока сохранять хоть какое-то присутствие оппозиции в российской политике. Если бы выборы 2007-го года проходили по "старым" правилам, но нет сомнений что все 225 однoмандатников были бы представителями ЕР (необязательно членами ЕР, а в том смысле что у них было бы конкурентов из ЕР)

Кроме того, СФ что по новым правилам, что по старым всегда зависел от исполнительной власти; при Ельцине он таким образом служил неким законодательным противовесом Думе, при Путине естественно данная роль потеряла смысл. Не имеет большого значения, заседают ли в СФ губернаторы или их "представители"; проблема не в этом, а в тотальной зависимости большинства регионов от федерального бюджета (как минимум).

Вообще федеративное устройство России носит исключительно своеобразный характер, при котором субъектом делегируется не законотворчество (как это обычно принято) а ... деньги. В общем, почему бы и нет; такая конструкция, конечно, не похожа на США или Индию но в принципе тоже имеет право на существование.