Сами и ответили - если премия выписана с существенными нарушениями положения о премировании, например. Особенно, если речь идет о целевых средствах - тогда это чистый криминал.

Нарушение положения о премировании не является уголовным преступлением.
А нецелевое расходование средств является нарушением исключительно для государственных служащих, каковыми сотрудники госкорпораций не являются.

Есть такое понятие - злоупотребление служебным/должностным положением. Если в своих интересах - растрата, статья 160 УК РФ.
И еще есть два важных критерия - корреспонденция счетов учета (суть хозоперации) и сумма - в относительном и абсолютном выражении.
Читайте УК, ПБУ, НК и судебную практику - там много интересного. Например, искажение показателя отчетности от 10% - грубое нарушение. Соответственно, если в добавок к этому из состава расходов по налогу на прибыль проверка "выкинула" достаточно существенную долю, плюс к тому уклонение от налогов. А если сумма окажется достаточно большой с точки зрения суда - уголовка, за такое директора и главбухи и сидят.
В принципе, большинство, путает целевое финансирование (ПБУ 13, 86-й счет плана счетов) с бюджетами бюджетных учреждений в части целевых средств (второй источник, внебюджетные счета учета на балансе). Ну, и про госслужбу тоже говорят не к месту. Вообще-то госконтракт - это тоже форма обязательств перед бюджетом.