Евреев в принципе убивали все, вермахт не исключение. Был же соответствующий приказ Рейхенау (кстати судя по всему параллельно - гениального тактика). Как отличить еврея от нееврея особенно тоже никто не парился, евреи в то время жили обособленно на территории Украины и Беларуси. Были трудности в крупных городах, но немцы выпускали специальные брошюры, с описанием фенотипа (типа формы мочки уха и так далее) евреев имеено той местности. Например у меня отец был в Белоруссии сразу после войны - такие книжки находил и читал. На территориях Беларуссии и Украины и частично Прибалтики шло подобие гражанской войны и локальных национальных конфликтов - евреи везде были в пролете. Даже советские партизаны если и не истребляли нарочно, то относились довольно прохладно к этой теме.
Вермахт просто был в основном ближе к линии фронта и занимался войной по большей части.