Конспирологическое:
Процесс против "Сети" готовился давно, и его целью было вызвать жуткое возмущение "прогрессивной общественности" с тем, чтобы впоследствии полностью ее дискредитировать.
Посмотрите, мол, каких подонков они защищают!

Это могло бы объяснить и отсутствие адекватных обвинений на процессе, и большие сроки заключения, и пытки, и не предъявленные обвинения (если они имеют смысл), etc.
Спасает одно, Hanlon's razor: Never attribute to malice that which can be adequately explained by stupidity.