Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2010-02-07 20:22:00
Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Пример про развитие
в статье В.В. Исаевой Фрактальные и хаотические паттерны животных // Вид и видообразование 2009. Она исследует разные топологии крупных таксонов с накладыванием эволюционных древ, но это я пересказывать не буду. Получаются у нее некоторые множества по топологии... А вот пример -

нематода Caenorhabditis elegans. Все тело состоит из фиксированного числа клеток - 959. У всех особей, всегда. Нейронная сеть - 302 клетки, остальные на прочее тело. Общее число генов - ок. 20 тыс.

Человек. Число клеток тела непостоянно, примерно 10 в 14 степени. Число нейронов в нервной системе непостоянно, примерно 10 в 10 или 10 в 11 степени клеток. Число генов в геноме ок. 40 тыс.

(Добавить комментарий)


[info]scythean@lj
2010-02-07 14:27 (ссылка)
Все тело состоит из фиксированного числа клеток - 959.

Или 1031. :)

(Ответить)


[info]anatol_olegych@lj
2010-02-07 14:31 (ссылка)
Стандартная ныне оценка числа человеческиx генов - 24-25 тыс.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 14:51 (ссылка)
спасибо. еще недавно было 80-100 тыс. все уменьшается число...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]levyi_botinok@lj
2010-02-07 15:31 (ссылка)
Так, вроде, геном человека полностью расшифрован! За сколько отрапортовали-то? за 100, 40 или 24 тысячи? Или последовательность есть, но кто из них ген а кто интрон разобраться не могут? :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 15:43 (ссылка)
Насколько я понимаю, там сложнейшая последовательность экзонов и интронов. Известна общая последовательность единиц, и на каждом этапе оценивалось, сколько же там работающих генов - потому что большая часть "последовательности ДНК" - молчит, долгое время считалась бессмысленной. сейчас появляются идеи, что и эти интроны, которые не кодируют белки - тоже гнеким образом работают. Но, короче, чем больше узнают - тем сильнее уменьшается число генов, по прежним пронозам было 100 тыс, теперь, видите - 25 тыс.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]gufan_gufan@lj
2010-02-07 18:10 (ссылка)
А это имеет вообще смысл - говорить об оценках количества генов у всяких там нематод, когда их не пропускали (наверняка ведь не пропускали?) через ту же процедуру переоценивания, от которой количество генов у человека сократилось вчетверо?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]prahvessor@lj
2010-02-07 18:37 (ссылка)
как раз про нематоду все куда понятнее

(Ответить) (Уровень выше)


[info]prahvessor@lj
2010-02-07 18:36 (ссылка)
вот буквально позавчера главный специалист АБ сообщил, что, видимо, работающих все-таки 20 тысяч. Остальное псевдогены.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

уточнение
[info]prahvessor@lj
2010-02-07 18:39 (ссылка)
это если в виду имются белок-кодирующие гены
регуляторных и всяких прочих РНК, видимо, еще столько же примерно

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: уточнение
[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-08 04:41 (ссылка)
Ага. То есть в сумме те самые 40 тыщ.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fregimus@lj
2010-02-09 17:54 (ссылка)
Мельчают люди нынче, мельчают!

(Ответить) (Уровень выше)

Это ж надо было так низко опуститься
[info]albiel@lj
2010-02-07 14:44 (ссылка)
Это почти наверняка паразит. Такие виды обычно эволюционируют в сторону примитивизации. Большая часть генов, видимо, отключается за ненадобностью - но остаётся. А раньше то они были ого-го какие сложные, в полчеловека.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: Это ж надо было так низко опуститься
[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 14:52 (ссылка)
Человек-то? Ну, кто и паразит, не без того...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Это ж надо было так низко опуститься
[info]albiel@lj
2010-02-07 14:55 (ссылка)
Я имел в виду нематоду. А человек - это суперпаразит, очень хитрый.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Это ж надо было так низко опуститься
[info]leonid_b@lj
2010-02-07 17:29 (ссылка)
Не говорите за всех. Люди бывают разные.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: Это ж надо было так низко опуститься
[info]albiel@lj
2010-02-07 17:31 (ссылка)
Паразиты тоже :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Пригорюнившись
[info]leonid_b@lj
2010-02-07 17:33 (ссылка)
А и верно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]_aristeo@lj
2010-02-07 14:47 (ссылка)
Тут, видимо, дело не в количестве генов, а в степени структурированности, организованности информации.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 14:52 (ссылка)
ээ... Наверное, я не понял.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]_aristeo@lj
2010-02-07 14:58 (ссылка)
Ну, в качестве аналогии - взяли файл размером 1 ГБ и заполнили его нулями. Или коротким текстом, повторяющимся много раз. А потом взяли другой файл размером в 2 ГБ, в котором - операционная система с прикладными программами. В первом случае информация будет низкоорганизованной, во втором - высокоорганизованной.

Но это я так, к слову... Если я что не то говорю, извиняйте, я в биологии полный профан.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 15:03 (ссылка)
Трудно сопоставить. Если крайне грубо - гены кодируют белки. На этом уровне упрощения - 20000 генов у человека и у червяка, производят 20000 каких-то белков. Всё.
Но есть множество всяких сложностей, упрощение, скорее всего, не годится. Однако нет ощущения, что дело в программе.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]drug_indejcev@lj
2010-02-07 15:15 (ссылка)
Ну почему. Даже если б эти гены и белки были совершенно одинаковые, то то, что получится, зависит от того, когда и почему какой белок экспрессируется (а это и есть в некотором роде программа). Вроде бы у гусеницы и бабочки одни и те же гены, нет?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 15:40 (ссылка)
Да. Гены - переключатели на путях развития. Что подразумевает - в рамках метафоры - что дороги-то есть и без них. Тем самым схема, собранная из 20000 тумблеров, может сколь угодно сильно отличаться от другой, собранной из того же количества.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]drug_indejcev@lj
2010-02-07 15:51 (ссылка)
А вот с дорогами уже проблема. По дорогам можно двигаться и беспорядочно, но без переключателей ничего живого не получится. Если метафору доводить до логического конца, то вся суть оказывается как раз в переключателях.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 16:01 (ссылка)
Живое получится, но сдохнет. Суть не вытаскивается в метафору переключателей - просто можно сказать, что система дорог и система переключателей - это разные системы, а не одна. И оказывается, что правильно иметь "формализованную" систему переключателей

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]drug_indejcev@lj
2010-02-07 21:44 (ссылка)
Тут не согласен. Не те переключатели, не так устроены. Если пользоваться метафорой дорог, то они ведь скорее ускорители определенных направлений, чем переключатели. Либо всё быстро едет в нужную сторону, либо всё медленно едет куда попало и разваливается. То есть, если оно было живое, то сдохнет, а если не было - то и не получится.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]_aristeo@lj
2010-02-07 15:16 (ссылка)
Ясно. Вспомнил из школьного курса: ген кодирует последовательность аминокислот, из которых строится белок.
Кстати, а как с количеством генов у других червяков?
Тут, наверное, специалистам еще много работы.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 15:40 (ссылка)
Число видов живых существ сейчас оценивается примерно в 80 млн. Конечно, расшифрованы пока лишь единичные геномы. Хоть сколько-нибудь.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]riftsh@lj
2010-02-07 22:31 (ссылка)
А у Вас есть какие-то ссылки на эту оценку? Честно говоря, я сомневаюсь, что сколько-нибудь разумная оценка на сегодня возможна (пока нет общепринятых определений таксонов и пока некоторые ареалы практически не исследованы), но коллекционирую методики таких оценок.

Большинство оценок говорят 5-15 млн. (RM May, How many species? Phil. Trans. R. Soc. Set. B, 1990, 330, 293-304). Некоторые доходят до 30 млн. (NE Stork, How many species are there? Biodiversity and Conservation, 1993, 2, 3, 215-232). Из авторитетных "высоких цифр" есть методика Терри Эрвина, который считал число видов насекомых на гектар тропического леса (Biodiversity, 1988; Biodiversity II, 1997). В результате получается 30-50 млн.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-08 04:44 (ссылка)
Согласен. Разумная оценка - почти невозможна. говоря грубо: описано ок. 1 млн. видов.
Дальше начинаются прикидки - сколько уже описанное составляет от всего многообразия. Оценки - от 10 млн до 80. Это все дурацкие среднепотолочные. В т.ч. анекдотические - по обтрясам деревьев в тропиках. Как раз насекомые для тропического - один из саых идиотских методов оценки из всех. Но не важно. Разумного метода там нету. но если хочется - давайте говорить только об известном твердо, 1 млн. Тоже большое число.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]albiel@lj
2010-02-07 15:18 (ссылка)
Тогда нужно сравнивать не по количеству клеток, а по количеству белков. Предполагается, видимо, что гены ответственны не просто за молекулы - а за организацию организма в целом.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ovanes@lj
2010-02-07 16:50 (ссылка)
Так вроде ж 20000-40000 генов это всего лишь 2-3% человеческого генома (то, что кодирует белки). Остальное тоже несет какой-то функционал - кодирует РНК—рибопереключатели

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 16:53 (ссылка)
Да, какой-то функционал... О нем еще долго будут спорить

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fregimus@lj
2010-02-09 17:59 (ссылка)
«нет ощущения, что дело в программе»

А что именно Вы здесь сравниваете с программой, что — с исполнителем программы? Мне в последнее время приходится копаться с различением уровней в структуре информации — не думаю, что у меня есть стройные мысли.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]999999@lj
2010-02-07 16:51 (ссылка)
опечатка - Caenorhabditis elegans (читатели пойдут гуглить и правильно сделают)

это самая тупая из обучаемых тварей, и ее смоделировали компьютерщики

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]999999@lj
2010-02-07 16:52 (ссылка)
нейр. сеть, в смысле.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 16:54 (ссылка)
исправил, спасибо

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]999999@lj
2010-02-07 17:06 (ссылка)
спасибо за наводку. кажется, нашла статью (http://www.zin.ru/journals/trudyzin/doc/vol_313_s1/TZ_313_Supplement_Isaeva.pdf)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-07 17:23 (ссылка)
угу. она

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fregimus@lj
2010-02-09 18:01 (ссылка)
Компьютерщики наконец-то смоделировали самую тупую из тварей! Компьютерщикам — ура!

(Ответить) (Уровень выше)


[info]schwalbeman@lj
2010-02-07 19:14 (ссылка)
Респект нематоде.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-08 04:39 (ссылка)
соблюдает баланс сил, поддерживает постоянство клеток. всем бы так.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]riftsh@lj
2010-02-07 21:39 (ссылка)
Число генов само по себе мало информативно. Например, у риса их около 60 тысяч, но он не умнее нас.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-08 04:40 (ссылка)
Разумеется.

(Ответить) (Уровень выше)

клеток, наверно, тоже:
[info]b_graf@lj
2010-02-08 10:53 (ссылка)
у слона или кита их больше (нейронов, возможно, тоже). Интересно, что у них с геномом ? Если у них генов больше - то вот кто самый сложный (вопрос о ките и слоне приобретет тогда новый ракурс, не только о силе) :-)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: клеток, наверно, тоже:
[info]fregimus@lj
2010-02-09 23:39 (ссылка)
Не знаю, как там слон с китом, но один из самых больших оцениваемых размеров генома у трихомонады вагиналис (говорят, сам-то не считал). Кладет кита со слоном на пару одной левой ложноножкой.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]zlyuk@lj
2010-02-08 09:30 (ссылка)
Интересно, как каждый выделяет своё в тексте. По мне, исследование "топологии" таксонов с накладыванием эволюционных древ - самая неубедительная и маловыраженная часть.
И про нематоду - ровно 131 апоптотическая клетка свидетельствует о ещё более жёсткой детерминированности, чем просто фиксированный конечный результат (который мог бы достигаться менее жёстким способом, например "мягко" контролируемым избыточным делением с последующим апоптозом).
В целом, хотел спросить Вас (если знаете), этот обзор - мейнстрим в своей области?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2010-02-08 10:00 (ссылка)
в своей области - то есть изучение топологии организмов? ничего не могу сказать. видел только каккие-то случайные работы на эту тему, как складывается жизнь и есть ли такое направление - область - даже не знаю

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]zlyuk@lj
2010-02-09 07:47 (ссылка)
Ну да. я сам проиллюстрировал свой тезис, про каждому интересно своё.
я имел в виду всю эту "фрактальную хаотическую морфологию". в гугле почти ничего нет по такому делу, вот и удивился. я б не стал сильно влезать, но случайно знаком с одним из цитируемых её (автора статьи) соавторов, а он вполне серьёзный математик.

(Ответить) (Уровень выше)