Трудно сопоставить. Если крайне грубо - гены кодируют белки. На этом уровне упрощения - 20000 генов у человека и у червяка, производят 20000 каких-то белков. Всё.
Но есть множество всяких сложностей, упрощение, скорее всего, не годится. Однако нет ощущения, что дело в программе.

Ну почему. Даже если б эти гены и белки были совершенно одинаковые, то то, что получится, зависит от того, когда и почему какой белок экспрессируется (а это и есть в некотором роде программа). Вроде бы у гусеницы и бабочки одни и те же гены, нет?

Да. Гены - переключатели на путях развития. Что подразумевает - в рамках метафоры - что дороги-то есть и без них. Тем самым схема, собранная из 20000 тумблеров, может сколь угодно сильно отличаться от другой, собранной из того же количества.

А вот с дорогами уже проблема. По дорогам можно двигаться и беспорядочно, но без переключателей ничего живого не получится. Если метафору доводить до логического конца, то вся суть оказывается как раз в переключателях.

Живое получится, но сдохнет. Суть не вытаскивается в метафору переключателей - просто можно сказать, что система дорог и система переключателей - это разные системы, а не одна. И оказывается, что правильно иметь "формализованную" систему переключателей

Тут не согласен. Не те переключатели, не так устроены. Если пользоваться метафорой дорог, то они ведь скорее ускорители определенных направлений, чем переключатели. Либо всё быстро едет в нужную сторону, либо всё медленно едет куда попало и разваливается. То есть, если оно было живое, то сдохнет, а если не было - то и не получится.

Ясно. Вспомнил из школьного курса: ген кодирует последовательность аминокислот, из которых строится белок.
Кстати, а как с количеством генов у других червяков?
Тут, наверное, специалистам еще много работы.

Число видов живых существ сейчас оценивается примерно в 80 млн. Конечно, расшифрованы пока лишь единичные геномы. Хоть сколько-нибудь.

А у Вас есть какие-то ссылки на эту оценку? Честно говоря, я сомневаюсь, что сколько-нибудь разумная оценка на сегодня возможна (пока нет общепринятых определений таксонов и пока некоторые ареалы практически не исследованы), но коллекционирую методики таких оценок.

Большинство оценок говорят 5-15 млн. (RM May, How many species? Phil. Trans. R. Soc. Set. B, 1990, 330, 293-304). Некоторые доходят до 30 млн. (NE Stork, How many species are there? Biodiversity and Conservation, 1993, 2, 3, 215-232). Из авторитетных "высоких цифр" есть методика Терри Эрвина, который считал число видов насекомых на гектар тропического леса (Biodiversity, 1988; Biodiversity II, 1997). В результате получается 30-50 млн.

Согласен. Разумная оценка - почти невозможна. говоря грубо: описано ок. 1 млн. видов.
Дальше начинаются прикидки - сколько уже описанное составляет от всего многообразия. Оценки - от 10 млн до 80. Это все дурацкие среднепотолочные. В т.ч. анекдотические - по обтрясам деревьев в тропиках. Как раз насекомые для тропического - один из саых идиотских методов оценки из всех. Но не важно. Разумного метода там нету. но если хочется - давайте говорить только об известном твердо, 1 млн. Тоже большое число.

Тогда нужно сравнивать не по количеству клеток, а по количеству белков. Предполагается, видимо, что гены ответственны не просто за молекулы - а за организацию организма в целом.

Так вроде ж 20000-40000 генов это всего лишь 2-3% человеческого генома (то, что кодирует белки). Остальное тоже несет какой-то функционал - кодирует РНК—рибопереключатели

Да, какой-то функционал... О нем еще долго будут спорить

«нет ощущения, что дело в программе»

А что именно Вы здесь сравниваете с программой, что — с исполнителем программы? Мне в последнее время приходится копаться с различением уровней в структуре информации — не думаю, что у меня есть стройные мысли.