В РИ представители "малых" конфессий могли селиться в выбранных местах и в целом имели проблемы с властями, вплоть до принудительной высылки. Это была официальная политика центральных властей. Всякого рода староверы и дети семей староверов сыграли большую роль в революции. В СССР проповедь и собрания преследовались, а верить ночью под одеялом было можно. Опять же политические организации вроде комсомола делали религиозную жизнь не очень удобной.
РФ движется скорее в сторону РИ чем совка, а в РИ гонителем конфессий было РПЦ, просто как конкурентов. К слову, не понятно зачем им это практически. Просто любая система склонна к расширению и выдавливанию конкурентов до последнего.