Ну вот как такой текст понять: "<Спаситель> в конце времен не возгнушался родиться от святой и всенепорочной Владычицы нашей Богородицы, восприял от Нея плоть, одушевленную душею словесною и разумною, начаток нашего естества, не чрез семя, но творчески чрез Духа Святаго" (Соборное послание Феодора, святейшего патриарха Иерусалимского, читанное на VII Вселенском Соборе. // Деяния Вселенских Соборов. Т. IV. С. 407)? Плоть же принадлежала ипостаси Матери?
Вообще насчет ипостаси прп. Иоанн Дамаскин говорит, что "ипостась всякого зародыша - семя, а ее (плоти Христовой) ипостась - Бог Слово" (Слово против несториан, 23).

“Что ипостась Христова одна, мы узнаем вот откуда. Начало существования всякого зародыша есть семя, ввергамое отцом в утробу жены, жена, зачиная его, доставляет свою кровь, и так образуется зародыш. Одна ипостась семени и материнских кровей, образующих в ней плоть, и зачатие семени. А зачинает женщина от соития с мужем внедряемое им семя, и оно есть ипостась зародыша. Так что же зачала Святая Дева? Плоть? Значит плоть не от Нее — ведь женщина не зачинает сама от себя. Так что же зачала? Слово Божие? Ибо Дух Святой посредствовал вместо соития и осенил Ее, и был зачат Сын и Слово Божие и Сам стал плотью, одушевленной разумной и мыслящей душой, и Сам, словно Божественное семя, стал ипостасью для плоти, одной ипостасью двух природ, Божества и человечества”

Преп. Иоанн Дамаскин. О свойствах двух природ во едином Христе Господе нашем, а попутно и о двух волях и действиях и одной ипостаси (Пер. Д.Е. Афиногенова) //Творения преподобного Иоанна Дамаскина. М., 1997. С. 91 – 92.

+

восприял от Нея плоть, одушевленную душею словесною и разумною.

плоть (нашу природу), и с душею не Богоматери, но по таинству Божиему образованию души.

Плоть же принадлежала ипостаси Матери?

плоть не принадлежит, а ее определяет ("маркирует", "очерчивает" в пространстве) ипостась, но ипостась - не есть индивидуализирующий признак.

Вообще насчет ипостаси прп. Иоанн Дамаскин говорит, что "ипостась всякого зародыша - семя, а ее (плоти Христовой) ипостась - Бог Слово" (Слово против несториан, 23).

да. Семя - есть уже ипостась, как личностный центр, как одушевленный предмет перед Богом, отвечающий за себя, т.е. субъект. Христос рождается не от биологического отца, передающего хромосомный набор в обычном рождении и поэтому Он как личность Нетварен. (Я и Отец - одно)

Насчет "маркирует" не знаю, а вот о том, что плоть может быть именно чьей-то (= принадлежать кому-то) мы можем много найти цитат у свв. отцов.
По поводу происхождения души я придерживаюсь мнения, высазанного митр. Макарием (Булгаковым): "«Как же понимать это творение душ? Сама Церковь с точностью не определяет; но, на основании представленных свидетельств пятого вселенского Собора, блаж. Феодорита и особенно святого Льва, и в соответствии с другими догматами Церкви, надобно полагать, что здесь имеется ввиду не непосредственное творение Божие, а опосредованное, — что Бог творит человеческие души, как и тела, силой того самого благословения — плодитесь и размножайтесь, которое Он даровал нашим праотцам еще в начале, — творит не из ничего, и от душ родителей. Ибо, по учению Церкви, хотя души человеческие получают бытие через творение, но так, что на них переходит от родителей зараза прародительского греха, — а этого не могло бы быть, если бы Бог творил их из ничего. Скажут ли, что такое творение душ от душ родителей для нас совершенно неизъяснимо, когда человеческая душа есть существо простое? Правда. Но для нас совершенно неизъяснимо и то, чтобы Бог, Дух чистейший, мог рождать из существа своего Сына и изводить Святого Духа, не подвергаясь никакому делению... Потому-то еще древние учители Церкви повторяли, что тайна творения наших душ понятна одному Богу» (Православно-догматическое богословие. Т. 1. #79. С. 441. http://www.holytrinitymission.org/books/russian/dogmatika_makary_1.htm#_Toc103069991).