восприял от Нея плоть, одушевленную душею словесною и разумною.

плоть (нашу природу), и с душею не Богоматери, но по таинству Божиему образованию души.

Плоть же принадлежала ипостаси Матери?

плоть не принадлежит, а ее определяет ("маркирует", "очерчивает" в пространстве) ипостась, но ипостась - не есть индивидуализирующий признак.

Вообще насчет ипостаси прп. Иоанн Дамаскин говорит, что "ипостась всякого зародыша - семя, а ее (плоти Христовой) ипостась - Бог Слово" (Слово против несториан, 23).

да. Семя - есть уже ипостась, как личностный центр, как одушевленный предмет перед Богом, отвечающий за себя, т.е. субъект. Христос рождается не от биологического отца, передающего хромосомный набор в обычном рождении и поэтому Он как личность Нетварен. (Я и Отец - одно)

Насчет "маркирует" не знаю, а вот о том, что плоть может быть именно чьей-то (= принадлежать кому-то) мы можем много найти цитат у свв. отцов.
По поводу происхождения души я придерживаюсь мнения, высазанного митр. Макарием (Булгаковым): "«Как же понимать это творение душ? Сама Церковь с точностью не определяет; но, на основании представленных свидетельств пятого вселенского Собора, блаж. Феодорита и особенно святого Льва, и в соответствии с другими догматами Церкви, надобно полагать, что здесь имеется ввиду не непосредственное творение Божие, а опосредованное, — что Бог творит человеческие души, как и тела, силой того самого благословения — плодитесь и размножайтесь, которое Он даровал нашим праотцам еще в начале, — творит не из ничего, и от душ родителей. Ибо, по учению Церкви, хотя души человеческие получают бытие через творение, но так, что на них переходит от родителей зараза прародительского греха, — а этого не могло бы быть, если бы Бог творил их из ничего. Скажут ли, что такое творение душ от душ родителей для нас совершенно неизъяснимо, когда человеческая душа есть существо простое? Правда. Но для нас совершенно неизъяснимо и то, чтобы Бог, Дух чистейший, мог рождать из существа своего Сына и изводить Святого Духа, не подвергаясь никакому делению... Потому-то еще древние учители Церкви повторяли, что тайна творения наших душ понятна одному Богу» (Православно-догматическое богословие. Т. 1. #79. С. 441. http://www.holytrinitymission.org/books/russian/dogmatika_makary_1.htm#_Toc103069991).