Ну так у Винды давно уже идеология, что софт на одном разделе, а данные -- на другом, так что системный раздел меньше сотни гигов ни один нормальный сисадмин давно уже не делает.

В крайнем случае никто же не запрещает открыть командную строчку, переопределить в ней %PROGRAMDATA% и запустить инсталлер оттуда.