А почему нет? Ведь в латыни обе буквы произносятся. Ну и перешло.

рассуждая по аналогии, почему не QA или QI - "обе буквы произносятся", но ведь этого не происходит...

Да просто потому что в латинском созвучие 'кв' было свойственно вопросительным словам (подобно тому как созвучие 'шт' или 'чт' свойствено русским вопросительным словам). Поэтому латинские союзы очень часто начинаются с qu. Это сохранилось во французском, а оттуда перешло в английский. Так я думаю.

Но ведь речь не только о вопросительных словах. В русском языке есть слова "шар" и "чан" (не 'шт' или 'чт'), а в латыни это QU,похоже, всегда.

Кстати, вспомнил. Для стихотворного размера qu в латинским не воспринимается как сдвоенная согласная (важно, потому что перед сдвоенной согласной обычно идет длинная гласная). Так что видимо действительно они воспринимали это как один звук. Почему - черт их разберет