Эндемики существуют, куда они денутся. Зачастую даже внутри одной системы есть части, отрезанные друг от друга на тысячи/десятки тысяч лет. Например, воздушные камеры, разделенные сифоном или, наоборот, несообщающиеся водоемы.
Обычно эндемики - это мелочевка типа членистоногих и водорослей, супермутантов там не бывает. Но грибы как раз должны быть.