Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2005-05-20 09:42:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Новая система живых организмов
Прочитал обзор по современной молекулярной систематике. О том, чтобы высказывать отношение к этому, не может быть и речи, - но можно составить представление.

Самых крупных групп – 3 (бактерии, архебактерии и эвкариоты). Их ранг очень высокий. Скажем, бактерии делятся на 30-50 царств. Многие из них еще не описаны – получен генетический материал, установлена его таксономическая принадлежность, но сами бактерии пока не описаны.

Среди архебактерий тоже, видимо, много царств – но сколько, подсчитать трудно. Дело в том, что подавляющее большинство открыто за последние 20 лет. Это формы, живущие в черных и белых курильщиках, в гейзерах, разогретых сероводородных лужах и т.д.

Среди эвкариот произошли очень серьезные изменения, многие привычные со школы группы либо не существуют, либо имеют иной объем. Например, появился новый большой таксон Ecdysozoa – объединение родственных волосатиков, круглых червей, головохоботных (приапулид и т.д.) и членистоногих. Другая большая группа – Eutrochozoa, включает кольчатых червей, немертин, моллюсков, сипункулид, эхиурид и погонофор. Плоские черви объединяются с мшанками и плеченогими.

Вторичноротые (это хордовые и иглокожие, к ним принадлежат и звери с птицами) родственны Ecdysozoa, т.е., грубо говоря, насекомые и хордовые могут быть противопоставлены прочим тварям.

Раньше среди членистоногих выделяли близкие стволы (паукообразных и ракообразных) + (многоножки + насекомые). В насекомых в качестве самой примитивной группы входили ногохвостки (коллемболы). Молгенетика показывает иные связи. «На самом деле» имеется родственная связь между насекомыми и ракообразными, от них отделена другая группа, состоящая из паукообразных и многоножек. Кто представляет себе тему, может спокойно падать со стула, дальше будет хуже.

Насекомые представляют собой «внутреннюю» группу среди ракообразных – то есть сначала от общего ствола отделились разные раки, а потом в одной из концевых веток – Мalacostraca и сестринские к ним насекомые. Ногохвостки оказались вне этой группы. Они не родственники насекомым. Они лежат между (паукообразные + многоножки) и (раки + насекомые). То есть они отделились от общего ствола еще до раков.

Почти все традиционные морфологические признаки, на основании которых выделяли привычные таксоны, по данным молбиологии оказываются возникающими параллельно. Это означает. Что почти все традиционные таксоны будут разрушены. Система будет состоять из очень непривычных групп, куда будут «по кусочкам» рассованы представители привычных таксонов.

Собственно, эти факты трактуют подобным образом только сторонники молекулярной филогенетики. Они полагают, что молекулярные признаки имеют приоритет над традиционными – поскольку они одноуровневые. Не допускают субъективизма, их очень много, с ними можно работать количественно, они «простые» - то есть не требуют развитых теоретических соображений (морфологической теории), а только развитой технологии.

Вообще-то ясно, что приведенные данные означают следующее: признаки макроморфологии и молекулярной морфологии образуют сетку; они взаимно противоречивы и каждая система признаков относительно другой выступает как ряд параллелизмов. Что с этим делать, чему отдавать предпочтение и можно ли эти системы признаков совместить – это, конечно, предмет для особого разговора. Только его не с кем вести – «немолекулярных» морфологов мало, в очень многих статьях они клеймятся как «устаревшие». В общем, да здравствует новый, незнакомый и ни на что непохожий мир.


(Читать комментарии) - (Добавить комментарий)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 07:43 (ссылка)
Ну, это как если бы я стал давать советы астрофизикам... В целом так, конечно - люди, любите друг друга, и давайте не ссориться. Там вот какие ппироги: молекулярные данные однородны, количественны, обсчитываемы, "объективны". Макроморфология требует сложных методик (не техник, а методов), "субъективна", неколичественна (во многом). Молпризнаки можно не взвешивать - то есть не думать о том, что один признак важный. а другой нет. Можно считать, что все сотни тыщ в одну цену и "складывать". В макроморфологии приходится думать, и очень много. Сейчас - как мне кажется, повсеместно - идет процесс редукции думательных операций за счет возникновения сложных технологически но принципиально недумательных. Когда я читал отчеты с конференций современных систематиков (разумеется, в США) то было очень смешно - у них вагоны артефактов, несогласований, явных дырок в методе. Но об этом даже маргиналы и люди со знаниями не заговаривают. А разговор примерно такой: раньше мощность машин позволяла нам обсчитывать не более 100 признаков одновременно, а теперь мы можем считать до 3000. А потом - 30000. И это вызывает совершенно серьезный оптимизм у вроде бы неглупых людей. Чтобы было понятнее, перевожу на язык вашего примера с астрофизикой. Вы предлагаете совместить современные методы астрофизики с астрологией и фактами о влиянии звезд на здоровье человека. Чтобы все согласились. Сами понимаете - ничего не будет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]night_sun_dial@lj
2005-05-20 07:51 (ссылка)
Теперь понял.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]a_bugaev@lj
2005-05-20 10:21 (ссылка)
Вот что бы такое изобрести бы, чтобы не соблазнялись технологиями, а пытались мозги прикладывать...

Может, запретить эти компьютеры на какое-то время?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 10:30 (ссылка)
Садист... Ты хочешь, чтобы соблазнялись счётами?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]a_bugaev@lj
2005-05-20 10:39 (ссылка)
Со счетами - это, конечно, заманчиво. И гусиным пером писать при свечах, а ездить в дилижансах. Только ведь помрут многие, привыкли уже и размножились...

Вот если бы интеллектуальную моду как-то поменять, или представления о научных приличиях...

Вот среди математиков компьютерные доказательства были под сильным подозрением. Мол, всетки думать надо, а не так сразу трясти. Сечас вроде бы смирились уже. Сдаются потихоньку. Но в математике в основном объекты ольно сложные, компьютерам пока не по зубам. На это и надежда.

А какие еще науки пока отстали от прогресса и по старинке продвигаются умственной деятельностью?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 11:06 (ссылка)
Моду поменять не так трудно... Но, видишь ли, ее удается поменять только на другую моду.

За все науки я не скажу. Предполагаю, что в каждой науке сидит несколько этих... из андерграунда... думают. Где профессор еще не померший, где лаборант еще не начавший. Только кто их разглядит? Там, где я ближе к профессионализму располагаюсь, я знаю таких странных людей и представляю, как они в науке современной располагаются и смотрятся. А где я совсем не профи - я о них никогда не узнаю, поскольку только по книгам сужу.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vi_z@lj
2005-05-22 09:54 (ссылка)
Тогда уже бумагу и карандаш тоже запретить. А то будут калякать, вместо того, чтобы думать.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vi_z@lj
2005-05-22 10:18 (ссылка)
Можно все инструменты запретить, включая карандаш, но от этого количество мышления не прибудет, и Золотой Век Мышления, Когда Все Думали, а лев лежал рядом с ягненком, не вернется.

На мой взгляд, тут видится лишь два пути, причем вполне совместимых. Первый, учиться и учить других взаимодействовать с инструментами. Люди, которые пытаются запретить инструмент X ("все зло от колесных повозок" (с) Дао Дэ Цзин), очевидно, сами извлекать из него пользу не умеют, и его боятся. Они проецируют свою собственную ущербность в контексте существования инструмента на сам инструмент. Лишь при условии существования мастеров применения инструмента, те, кто им пользоваться толком не умеют, но успешно конкурируют с теми, кто им пользуется еще хуже или не пользуется вовсе из идеологических соображений, умолкают и начинают учиться. Это касается любого инструмента, от колесной повозки и двуручного меча до станка Неда Лудда и компьютера.
Второй путь, касающийся уже исключительно компьютеров, это автоматизировать процесс мышления дальше, с тем, чтобы в пределе и с научными инструментами могла справиться домохозяйка, как она сегодня справляется с микроволновкой. Компьютеры в перспективе вполне могут справляться с думанием лучше человека, так же как подъемный кран в порту заменил на сегодняшний день грузчика.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vasja_iz_aa@lj
2005-05-20 11:03 (ссылка)
>Но об этом даже маргиналы и люди со знаниями не заговаривают.

Неужели? А почему?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 11:12 (ссылка)
Чтобы видеть эти дырки, надо иметь другой взгляд на вещи. Для них это - допустимые упрощения или мелочи, которые потом прояснятся.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vasja_iz_aa@lj
2005-05-20 11:18 (ссылка)
Извините, а нельзя ли чуть подробней? Ничего не понял.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 13:42 (ссылка)
Вы спрашиваете, почему я утверждаю, что "никто" не видит дырок в доказательствах и т.д. ("никто" - здесь условность, это ясно). Речь идет о столкновении научных программ. Каждая из них слепа к своим недостаткам, сторонников можно тыкать прямо в ошибку - и они абсолютно ничего не увидят. Это не особенность биологии или кладистики - это общая вещь. И дело даже не в индивидуальной глупости, а просто в принятых формах мышления.
Пример (я не буду перечислять все огрехи, это и специально, и долго, и ненужно). Кладистика на основе определенной методологии (там свои дыры, пропустим) выдает некий граф, в узлах которого написаны названия таксонов (забудем об осях, на которых строится эта штука; кладисты готовы признать, что абсцисс - это признаковое пространство, но изумительным образом утверждают, что ось ординат "не существует", хотя ясно, что это время). Граф называется кладограммой. Если говорить с достаточно грамотным кладистом в течение каких-нибудь 3 часов, то из него можно выбить, что это не есть филогенез - это слвсем другая вещь. Более того, кладист признается, что кладограмма отражает графически кладогенез; это такое искусственное понятие, которое никоим образом нельзя транспонировать на природу. Грубо говоря, это последовательность таких признаков, синапоморфий, это не природные объекты. Оставим в стороне вопрос, на кой ляд надо тратить силы на создание артефакта - пусть идут с миром. Но дальше изумительным образом все, чего вы добились в разговоре с кладистом забывается и он начинает в статьях, в популярной литературе - где угодно - говорить об этой дендрограме как о том, что открывает нам возникновение реальных групп организмов в реальной истории. И люди смотрят на кладограммы как на генеалогические деревья - вот дедушка, а вот внучок. Между тем это не просто ошибка - этого не предусматривает кладистическая методология, кладисты это определенным образом знают - и тем не менее генерится огромный тред рассуждений о кладистической истории. Все это выглядит цепью нелепостей и идиотизма, но на деле это выговаривают и пишут умные люди. Просто такова парадигма - на такие вещи не принято обращать внимание, внимание кладистов обращено на другие вопросы.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]scholar_vit@lj
2005-05-20 23:04 (ссылка)
А почему кладистические деревья не отражают филогенетики?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-21 05:00 (ссылка)
Я как раз в этом комменте пытался объяснить - значит, не вышло. Я не полезу в тонкости... Филогенетика была задумана Геккелем как наука о происхождении системы живых организмов в нынешнем виде, мыслилось, что организмы (таксоны) происходят друг от друга и мы на филогенетической схеме видим генеалогию. Кладистика - это иная штука, там таксоны определяются иначе. Она задумана именно для того, чтобы адекватно передавать родство организмов, но задача в процессе решения - из-за применяемых средств - была переопределена. Теперь правильнее сказать иначе: родством организмов мы называем то, что показывает нам кладистика. То есть первые интуиции человека при мысли о генеалогии и происхождении зверей друг от друга неверны, их надо отбросить, выучить понятия кладистики и операции с этими понятиями, которые она считает допустимыми, и тогда, когда человек забудет, какой вопрос у него был, он сможет воспроизвести ответ, который дает кладистика.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]scholar_vit@lj
2005-05-21 14:46 (ссылка)
Я перечитал и понял, о чем речь. Да, Вы правы, это печальный случай.

Я такое видал много раз в разных науках. Есть вопрос А, действительно важный и нужный. В какой-то момент кому-то (обычно классику) приходит в голову, что ответ на вопрос Б поможет понять А. Народ бросается на вопрос Б, топчет поле как может. Рано и ли поздно становится понятно, что всё, что можно извлечь из Б для А, уже извлечено. Но сформировалось целое направление отвечателей на вопрос Б. Деньги идут, должности дают. И разработка Б идёт полным ходом. Через какое-то время связь между А и Б прочно забыта, и отвечатели на вопрос Б уже не представляют себе, а зачем они, собственно, собрались тут. Но это уже и неважно.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-22 07:16 (ссылка)
Тем более что всегда можно сослаться на классика - Б помогает отвечать на А, разве кто не знает? Возникают переопределения А, новые трактовки основных понятий, и со временем весь разговор идет в контексте теории Б. Тут главное не вывалиться в обычный разговор, без понятийных ходуль. Тогда станет ясно. что король голый, но это ненаучно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]vasja_iz_aa@lj
2005-05-22 16:06 (ссылка)
Я прочитал несколько Ваших подробных обьяснений в разных местах это дискуссии, думаю, что удобнее будет в одном месте ответить, проще читать.

Вы, если я правильно понял, ставите знак равенстства между кладистикой и молекулярной систематикой. И напрасно, на мой взгляд. Вполне возможно, что сейчас в некоторых научных кругах действительно рисуют кладограммы исключительно по молекулярнобиологическим данным, а изучают вариабельность генома только для нужд кладистики, но вообще то это не более чем случайное совпадение. Направления (области ? методы? не уверен как правильно) эти возникли давно и независимо друг от друга, точно так же завтра разойдутся.

Еще замечу, что контексте и рамках исучения эволюции "молекулярные" признаки действительно качественно отличаются от "морфологических". Правльнее наверно говорить о различие самих подходов к исследованию эволюции, с которыми традиционно ассоциированы те или иные признаки. Фенотипическими признаками мы описываем происходившие важные изменения в строении организмов, ну например, рептилий от земноводных отделили возникшие эффективные органы выделительной системы, отсутсвие кожного дыхание и т.п. Т.е. в рамках этого подхода рисуется картина того, что же собственно происходило с живой природой в ходе эволюции. А молекулярные признаки наоборот, стараются выбирать возможно более нейтральные и не связаные с собственно эволюционным процессом. Бессмысленые сами по себе они служат лишь средством измерения времени или маркерами того, кто с кем родственик.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-23 02:25 (ссылка)
Спасибо за подробный ответ. Поскольку я пишу в ЖЖ для аудитории неопредлеленной и непонятно насколько осведомленной, я действительно четко не различаю в некоторых текстах кладистические и иные методы обсчета признаков, но о разнице их осведомлен.

По поводу качественного различия признаков - полагаю, что это заблуждение (я не отрицаю разницы, тут тоньше). То, что Вы пишете о различии крпуных адаптивных признаков (=макроэволюция, уровни) и нейтральных признаков (=микро, родство) - очень старая идея, еще 19 века. Например, об этом писал Нэгели, и многие другие классики. В общем-то, общее место. Там сильные подводные камни - мнение о нейтральности никогда не доказано, это "аксиома", мнение, что нейтральные дают родство - не факт, а вывод из одной определенной эвоюционной теории, не весьма чистой - и т.д. Я вовсе не склонен отрицать замечательные успехи молекулярной биологии, просто очень многое из того, что я читаю на эту тему, не является заслугами, а просто проговоркой старых, двухвековой давности предрассудков, которые были страыми, когда еще кости смотреть не научились. Мне кажется, это связано с недообразованностью: материал молбиологии очень нов и требует новых объемистых знаний, и потому читать старые книжки не принято - времени нет. Это - гарантия повторени всех ошибок, которые были сделаны за 200 лет и массового изобретения велосипедов, которые я в данном случае назову "молекулярными велосипедами". Но оптимизм мой не угасает: думаю, что, сделав все (и еще несколько) ошибок и совершив все (надеюсь) исправления. молбиология лет через несколько десятков доберется до того уровня, на котором был передний край биологии годах в 1930-х.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]scholar_vit@lj
2005-05-20 12:05 (ссылка)
Это не только в систематике так. Везде. Наука стала массовой профессией, и большинство профессионалов не умеют думать и понимать, что делают. Компьютер тут только ускорил процесс.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-20 13:32 (ссылка)
Я понимаю. Разумеется, идти в луддиты и выступать против компьютеров несколько неумно. Это же всего только средство, которое используют именно так, поскольку предрасположены к такому использованию.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]alexvel@lj
2005-05-20 20:40 (ссылка)
мне кажется, лучше сказать, что научное сообщество расслоилось на исследователей и квалифицированный обслуживающий персонал. Сверхмощные ПК, лабораторные роботы, автоматические секвенаторы и т.п., безусловно, ускорили этот процесс, расширив поток "грязной" (raw) информации, разбираться в котором и одновременно думать о высоком уже невозможно.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]scholar_vit@lj
2005-05-20 23:03 (ссылка)
Если бы расслоилось... Проблема в том, что эти, квалифицированные, искренне считают себя исследователями.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-21 04:54 (ссылка)
Мне кажется, все еще сложнее... Намного. Если б дело только в том, что идет много туфты и учеными себя считают квалифицированные техники. Там слишком много всего, чтобы сказать... Эксперты и экспертное знание. Гранты. Бюрократизация в связи с огосударствлением и бюрократизация в связи с самоокупаемостью. Масоовые эффекты и падение уровня - всегда так. Нельзя иметь высокоумную элиту ученых и массовую науку - всегда падает общий уровень и уровень элиты. Проблемы передачи знаний. Распадение научного мировоззрения - знание становится не целью, а средством, и от этого, как всегда, изменяет свой вмд. А, там считать озябнешь сколько всего...

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]scholar_vit@lj
2005-05-21 14:36 (ссылка)
Ну конечно, всё это есть. Но мне кажется, что всё это -- следствие того факта, о котором Вы говорили в другом посте: утеря понимания того, что есть наука и на какие вопросы надо отвечать.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2005-05-22 07:13 (ссылка)
Тоже верно. говорил. И еще скажу.

(Ответить) (Уровень выше)


(Читать комментарии) -