Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2009-12-29 21:18:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Кому вопросы про фрактальное устройство ДНК
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1285579.html
Был текст про фрактальное устройство ДНК "В результате учёные сделали два основных вывода. Во-первых, человеческий геном "разбит" на два отсека: в первом хранятся активные гены, во втором более плотно изолированы "ненужные" части ДНК. Более того между двумя частями происходит постоянный обмен включающимися и выключающимися генами.
Второй вывод: геном представляет собой "фрактальную глобулу" (fractal globule). Эта структура позволяет:
упаковать ДНК невероятно компактно: плотность информации в ядре примерно в триллионы раз выше, чем в среднестатистическом компьютерном чипе;
избежать образования узлов или запутанных фрагментов, которые бы помешали нормальной работе ДНК;
быстро складываться и раскладываться геному во время активации и репрессии генов, репликации клетки."

На этот текст пришел комментарий от автора. Кто хочет спросить детали и вообще разобраться - он готов ответить
"Я прочитал комментарии, жаль что про фрактальную глобулу слышали меньше, чем хотелось. Уж, чтобы быть более точным, Гросберг был не один, а с Шахновичем и со мной (это потом было куском моей докторской). На пальцах картину мы понимали давно, а доказать более строго то, что на всех масштабах плотная незаузленная макромолекула образует мало "квазиузлов", получилось относительно недавно с помощью методов алгебраической топологии. Вообще, вся эта "складчатость" имеет тесную связь со статистикой случайных блужданий в неевклидовых постранствах. Если кому-нибудь интересно, могу пояснить...
сергей нечаев sergei.nechaev @ gmail.com"


(Читать комментарии) - (Добавить комментарий)


(Анонимно)
2009-12-29 17:08 (ссылка)
Попробую по порядку. Представьте себе, что у вас есть квадратная "плетенка" из нитей. В месте каждого пересечения вертикальной и горизонтальной нити нужно сказать, кто проходит сверху, а кто снизу. Если это - случайная величина, то вся плетенка (с заданными граничными условиями) представляет собой диаграмму случайного узла (или зацепления). Первый вопрос, который можно задать - какова вероятность того, что при случайных пересечениях получится незаузленная нить (или набор нитей). Уже для того, чтобы ответить на этот вопрос нужно по пересечениям и граничным условиям получить как-то характеризовать топологию плетенки. Это делается (например) с помощью инаврианта Джонса - тут-то и появляется связь с алгебраической топологией. Там есть отдельный интересный вопрос, связанный с тем, что сам инвариант Джонса может быть записан как статистическая сумма некоторой спиновой модели и наша исходно топологическая задача может быть решена с помощью методов обычной теории неупорядоченных систем типа спиновых стекол.
to be continued

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]podmoskovnik@lj
2009-12-29 19:46 (ссылка)
Я правильно понимаю постановку задачи? Есть длинная "веревка" (молекула ДНК). Эта молекула по энергетическим соображениям хочет улечься в пространстве поплотнее. Однако поскольку молекула ОЧЕНЬ длинная, при укладывании ей в первую очередь доступны не все конфигурации, а, грубо говоря, только такие, в которых она не заузлена либо заузлена очень слабо, потому что завязывание узлов требует сложных "телодвижений" - продергивания концов. В аналогии с веревкой - грубо говоря, доступны только конфигурации, когда мы одной рукой держим веревку за оба конца, а второй просто комкаем всю остальную веревку в большой комок. Этот комок - и есть фрактальная глобула, так?

(Ответить) (Уровень выше)


[info]termometr@lj
2009-12-30 08:29 (ссылка)
и наша исходно топологическая задача может быть решена с помощью методов обычной теории неупорядоченных систем типа спиновых стекол.
***
А где почитать про эти методы расчета спиновых стекол? Вроде бы строго эта задача не решена.

И как посмотреть Вашу статью от 1988 года (или более поздние) по фрактальности генома?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2009-12-30 10:34 (ссылка)
Обсуждением фрактальности ДНК занимался Шура Гросберг, я больше по математическим делам... Можно посмотреть мой обзор в Усп.Физ.Наук "Проблемы вероятностной топологии: статистика узлов и некоммутативных случайных блужданий", т.168 (1998 год), №4, стр.369. Если нет доступа, дайте знать - я пришлю. А что касается спиновых стекол - уж что умеем, средним полем. Главное - это то, что топологическую задачу оказалось возможным сформулировать в терминах того, что более знакомо и неплохо изучено.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2009-12-30 13:04 (ссылка)
Отправил Вам письмо с просьбой выслать материалы.

Спасибо!

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2009-12-30 11:20 (ссылка)
Да, вот ссылка на структуру хроматина: A. Grosberg, Y. Rabin, S. Havlin, A. Neer, Europhys. Lett. 23, 373 (1993)

(Ответить) (Уровень выше)


(Читать комментарии) -