Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2009-12-29 21:18:00


Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Кому вопросы про фрактальное устройство ДНК
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1285579.html
Был текст про фрактальное устройство ДНК "В результате учёные сделали два основных вывода. Во-первых, человеческий геном "разбит" на два отсека: в первом хранятся активные гены, во втором более плотно изолированы "ненужные" части ДНК. Более того между двумя частями происходит постоянный обмен включающимися и выключающимися генами.
Второй вывод: геном представляет собой "фрактальную глобулу" (fractal globule). Эта структура позволяет:
упаковать ДНК невероятно компактно: плотность информации в ядре примерно в триллионы раз выше, чем в среднестатистическом компьютерном чипе;
избежать образования узлов или запутанных фрагментов, которые бы помешали нормальной работе ДНК;
быстро складываться и раскладываться геному во время активации и репрессии генов, репликации клетки."

На этот текст пришел комментарий от автора. Кто хочет спросить детали и вообще разобраться - он готов ответить
"Я прочитал комментарии, жаль что про фрактальную глобулу слышали меньше, чем хотелось. Уж, чтобы быть более точным, Гросберг был не один, а с Шахновичем и со мной (это потом было куском моей докторской). На пальцах картину мы понимали давно, а доказать более строго то, что на всех масштабах плотная незаузленная макромолекула образует мало "квазиузлов", получилось относительно недавно с помощью методов алгебраической топологии. Вообще, вся эта "складчатость" имеет тесную связь со статистикой случайных блужданий в неевклидовых постранствах. Если кому-нибудь интересно, могу пояснить...
сергей нечаев sergei.nechaev @ gmail.com"


(Читать комментарии) - (Добавить комментарий)


[info]termometr@lj
2009-12-30 13:24 (ссылка)
В работе американцев в Science, кстати, есть неточность - они написали, что складчатая глобула (СГ) - метастабильное долгоживущее состояние. Я подчеркиваю, что если концы цепи зафиксированы, то СГ - равновесное состояние.
****
ИМХО это принципиальный вывод.
Если я правильно понял, то для репликации молекулы из равновесного состояния требуется дополнительная энергия для вывода ее из "ямы"? В то время как удвоение молекулы ДНК в случае метастабильности требуется лишь вывод из не очень устойчивого равновесия и процесс может идти в принципе самопроизвольно? Теплового движения я так понимаю недостаточно в обоих случаях при известных температурах и временах? и в обоих случаях не требуется энергии на поддержание структуры макромолекул ДНК, РНК и белков?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2009-12-30 15:48 (ссылка)
Нет, не правильно. Разница между метастабильным и равновесным состоянием возникает только для молекулы с "открытыми" концами. "Энергетической" разницы нет. Вообще, из равновесной глобулы вытащить петлю для репликации (если речь идет о хромосоме) очень трудно. Релаксация за счет "рептации" концов очень медленная. Если цепь - гетерополимер, то есть энергетические барьеры, которые блокируют рептацию и я думаю, что рептация сильно подавлена в хромосоме. Был эксперимент лет 8-10 назад на системе полистирол в циклогексане. Бралась длинная макромолекула в клубке, потом резко изменялось качество растворителя и происходил переход в глобулярное состояние. На это уходило время N^2 (N - длина цепи), а потом за время N^3 глобула медленно релаксировала к равновесной. Это были эксперименты B.Chu по двухстадийной кинетике коллапса.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]termometr@lj
2009-12-31 14:23 (ссылка)
Нет, не правильно. Разница между метастабильным и равновесным состоянием возникает только для молекулы с "открытыми" концами. "Энергетической" разницы нет.
***
не понимаю как такое возможно. Несколько равновесных состояний с одинаковыми термодинамическими потенциалами?
Как это?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2010-01-02 17:53 (ссылка)
У меня не будет доступа к интернету несколько дней. Извините. Смогу ответить после 9-ого...

(Ответить) (Уровень выше)


(Анонимно)
2010-01-13 07:06 (ссылка)
Для незаузленной глобулярной макромолекулы скомканное (crumpled) состояние является АБСОЛЮТНЫМ минимумом свободной энергии, как это ни покажется странным. Это можно сосчитать на простых моделях.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]podmoskovnik@lj
2010-01-13 11:56 (ссылка)
Сергей, ты бы уж зарегистрировался, что ли :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


(Анонимно)
2010-01-14 10:37 (ссылка)
да, хорошо, попробую. просто я не знаю как это сделать :) я вообще, первый раз что-то пишу в форуме...

(Ответить) (Уровень выше)


(Читать комментарии) -