Войти в систему

Home
    - Создать дневник
    - Написать в дневник
       - Подробный режим

LJ.Rossia.org
    - Новости сайта
    - Общие настройки
    - Sitemap
    - Оплата
    - ljr-fif

Редактировать...
    - Настройки
    - Список друзей
    - Дневник
    - Картинки
    - Пароль
    - Вид дневника

Сообщества

Настроить S2

Помощь
    - Забыли пароль?
    - FAQ
    - Тех. поддержка



Пишет ivanov_petrov ([info]ivanov_petrov)
@ 2011-01-13 23:21:00
Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
смешная GOVO
про одну гипотезуI propose the genetic-organism value optimum (GOVO) hypothesis. The primary purpose of this hypothesis is to provide a formal construct for testing the relationship between genome changes, organismal innovation and species diversification.
Are Genome Evolution, Organism Complexity and Species Diversity Linked? Edmund J. Stellwag
http://icb.oxfordjournals.org/content/44/5/358.full

Гипотеза проста как гвоздь. Мол, если имеется резкий скачок в генах - между какими-то организмами - следует ожидать, что и в строении что-то изменится. И наоборот: если организмы очень по-разному устроены, то тут не без генов, что-то там обязательно поменялось.

Проверять предполагается после расшифровки полных геномов.

К сожалению, очень известны факты, насколько мало отличается геном человека от какого червяка.

С другой стороны, полиплоидизация - очень сильное изменение для генома, а эффект ее на уровне организмов и видов... Как пишут в статье, может быть очень большой, а может быть никакой.

И заключает свою работу суждением основательным. Что всякие дупликации генов и полиплоидизация, конечно, может служить накоплению изменчивости и очень сказываться в дальнейшей эволюции группы. Обязательно. Однако такая беда - любые изменения генома, любая степень новизны на генетическом уровне может быть уменьшена или полностью элиминирована в связи с организменными ограничениями.

Этот организм... Он так мешает генам, так мешает.

(Добавить комментарий)


[info]boldachev@lj
2011-01-13 17:37 (ссылка)
Тут намедни с вашей коллегой progenes (http://progenes.livejournal.com/)обсудили вопрос неоднозначности фиксации понятия ген (тут). Это напрямую касается вашего вопроса - ведь изменения размеров генома может никак не влиять на спектр белков, а следовательно и быть бессмысленным для организма. Ну это помимо упоминания эквифинальности и пр. этэшных моментов.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]vesse_v_belom@lj
2011-01-13 17:53 (ссылка)
не совсем Вашу мысль понял. вот есть синдром Дауна -- белки те же самые, даже микроРНК те же самые. а регуляция, естественно, нарушена.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-13 18:09 (ссылка)
Тут, я думаю, надо различать патологии и нормы. В заявленной проблеме обсуждается как изменение генетического материала может влиять на формирование нового нормального фенотипа, а не патологически искажать существующий.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vesse_v_belom@lj
2011-01-13 18:25 (ссылка)
Ну, в этом журнале, кажется, когда-то обсуждались "патология" и "норма" в контексте видообразования. То, что с т.зр. одних видов патологично, для других может быть полезной частью нормы.
И, конечно, полезные мутации встречаются гораздо реже.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-13 18:36 (ссылка)
Все это имело бы смысл обсуждать, если бы было установлено, что из патологии может возникнуть норма. Пока мы можем лишь предполагать.

А если вернутся к сути моего комментария, то (поправьте если я ошибаюсь) в любом случае любые изменения генома - приводящие к изменению нормальных признаков или к патологии - могут это реализовать только через белки: объем их синтеза, их модификацию или включение/отключение. А следовательно можно представить довольно значительные изменения генома не влияющие на "выход" белков, а следовательно и не влияющих на онтогенез.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]vesse_v_belom@lj
2011-01-13 19:08 (ссылка)
Ну если сравнивать еще и объем синтеза, то, видимо, да.
Но в той формулировке, что из эквивалентности спектров кодирующих генов следует эквивалентность фенотипов -- нет.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 05:03 (ссылка)
«Но в той формулировке, что из эквивалентности спектров кодирующих генов следует эквивалентность фенотипов -- нет.»Да. Только можно добавить, что от увеличения однотипных кодирующих участков, которая может повлиять на объем синтеза, сложно ожидать принципиального (да еще не патологического) изменения фенотипа.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 09:28 (ссылка)
Если у вида нет своей страховой медицины, то понятие патологии, мне кажется
совершенно непонятным.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 09:34 (ссылка)
Вы без помощи медицины не отличите наличие и отсутствие синдром дауна? :)

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 09:48 (ссылка)
Отличу.
Но научился я этому у медиков, они дали название.
А главное, именно они определили, какие свойства считать нормой,
а какие паталогией. Определили административным способом, списком.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 09:52 (ссылка)
Судя по отсутствию смайлика вы не шутите :)
Вы и слепого (от рождения - для привязке к теме) от зрячего не отличите без врачей. И белую ворону от черной (нормального фенотипа вида) не отличите?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 10:32 (ссылка)
Я совсем не шучу.
Я умею отличать слепого от зрячего и брюнета от рыжего.
Я не умею отличать норму от патологии без справочника.
И Вы, я уверен, не умеете.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 11:03 (ссылка)
Так вот же и вы умеете отличать патологию от нормы: ведь слепого от зрячего, надеюсь, вы без справочника отличаете? :)
Ладно. Пустой разговор. Спасибо

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 11:13 (ссылка)
Ну что ж, не хотите задумываться над этим словом, дело Ваше.
Мне казалось, что определение понятий - это Ваш интерес.
Мне казалось, что уж это-то слово совсем понятное.
Оно имеет чисто социальный смысли к природе неприменимо.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 11:33 (ссылка)
Я вижу вы серъезно.
Понятие "патология", как в узком медицинском смысле понимаемая как "болезнь", так и в расширенной трактовке - как отклонение от нормы, от нормального течения онтогенеза, как приобретение не свойственных виду признаков или утрата таковых применимо к любому организму (виду). Конечно, граница между нормой и патологией размыта. Вид традиционно имеет несколько устойчивых норм. Однако можно вычленить случаи патологии (отклонения от нормы, болезни), которые очевидны и без справочников: (1) неспособность существовать в стандартной для вида экологической нише (сюда, к примеру относится пример со потерей зрения); (2) неспособность к репродукции. Эти ситуации очевидны - особи обладающие таковыми патологиями (отклонениями от нормы) элиминируются - непосредственно или не оставляют потомства.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 12:35 (ссылка)
Фактически Вы дали два различных понятия нормы/патологии.

Первое связано с частотой встречаемости признака среди популяции.
Больше скольких-то процентов это норма а меньше - патология.
Причем без связи с полезностью/вредностью для выживания.
Граница (выраженная в процентах) выбирается в разных
случаях разная и связана с конкретными социальными практиками
(давать ли инвалидность) или научными практиками (назвать
одним видом или разными).
Условность и социальность такого понятия очевидны.

Второе понятие о патологии это наличие свойств
несовместимых с жизнью или продолжением рода.
В отличие от первого понятия - это не социально,
а объективно. Но оно не нужно, им и не пользуются биологи.
В этом случае патология противопоставляется не норме,
а жизни.

Совмещать эти разные понятия в одном слове приводит
к ошибкам. Я могу отличить слепого от зрячего в частности потому, сто слепота у людей совместима с жизнью
и продолжением рода.

Я умею, отличать слепоту, потому, что у нее есть
объективные признаки, а поатологию я отличаю от нормы
по тому, какие социальные практики приняты здесь и сейчас
по отношению к данному признаку.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 12:54 (ссылка)
(1) Понятие "патология" (смысле болезненного отклонения от нормы) относится к биологическому организму, то есть как к человеку, так и к любому другому виду. Думаю обсуждать тут социально-политические проблемы здравоохранения неуместно. «Патология (от греч. páthos — страдание, болезнь и ...логия), комплексная наука, изучающая закономерности возникновения, течения и исхода заболеваний и отдельных патологических процессов в организме человека и животных.» (БСЭ)

(2) «Фактически Вы дали два различных понятия нормы/патологии. »
Нет определение патологии одно - болезненные отклонения от нормы. Пояснение лишь классифицирует эти эти отклонения на условные (с нечеткой границей от нормы) и безусловные (с однозначными критериями).

«Я могу отличить слепого от зрячего в частности потому, сто слепота у людей совместима с жизнью
и продолжением рода.»А вот если бы не была совместима, то и отличить не смогли бы? :))) Вы можете отличить слепого от зрячего просто по дискретному признаку: отсутствие того, что есть в норме у особей данного вида. О то, что особи вида Homo Sapiens выживают с патологией слепоты, то это не делает ее не патологией по однозначным биологическим критериям - слепая обезьяна в природе не выживет.

Но вот на этом уже можно закончить. Поскольку я не собираюсь опровергать ваши определения и ваши классификации, основанные на отличных от моих принципов (ориентированных на социум, а не на биологию) - таковое понимание возможно и необходимо, но думаю не очень уместно на этой сугубо биологической странице.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 13:17 (ссылка)
Вы определяете паталогию, через норму, а болезнь
через здоровье.
Но ни здоровье ни норма не имеют объективных критериев.
Это субъективные (социальные) слова.

Вот я и удивился, что Вы употребляете гуманитарные слова на этой сугубо биологической странице.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-14 13:33 (ссылка)
Ну, что вы так прицепились к социальности? :))
С ней куда-нибудь в другую ветку (гуманитарную).

В биологии есть понятие нормальный фенотип: столько-то лап, столько-то пальцев, размеры от и до, зрение или без него, столько-то лепестков и такая-то форма листьев... Какая тут социальность?
Успехов

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]fe_b@lj
2011-01-14 14:08 (ссылка)
Теперь понял.
Раз определитель растений существует объективно,
то и понятие нормы в этом определители объективно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]misha_makferson@lj
2011-01-14 05:45 (ссылка)
Или такое явление как неотения. Одна особь резво так пробегает от нимфы до имаго, а другая остается аксолотлем пока не помрёт, да ещё и потомство приносит.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-13 17:59 (ссылка)
Спасибо за ссылку. Великолепный текст у progenes
Вопрос о неоднозначности понятия ген - старый, уж сколько там статей. Но тут высказано совершенно замечательно

Про белки - я бы тоже сказал о РНК, разных видах, но Вам уже обещали ответить отдельны постом и я уверен. что progenes сделает это несравненно лучше. чем я

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]boldachev@lj
2011-01-13 18:11 (ссылка)
Да. Подождем.

(Ответить) (Уровень выше)

кажется, у Шварца было
[info]ondo_the_linde@lj
2011-01-13 17:42 (ссылка)
Разве уже давно не предложили (дальше, простите, не помню термин) 24 хромосомы как исходный для наземных классов позвоночных генотип (из которых потом частичная полиплоидизация лепила имеющиеся)?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)

Re: кажется, у Шварца было
[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-13 18:02 (ссылка)
я тоже не помню. В смысле, идею дупликации и нового означивания и пр. - это понятно. а с генетическим архетипом позвоночных - нет, не помню

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

Re: кажется, у Шварца было
[info]termometr@lj
2011-01-13 18:04 (ссылка)
четыре с половиной полногеномные дупликации порождают 24 хромосомы из одной :)

(Ответить) (Уровень выше)

Re: кажется, у Шварца было
[info]ondo_the_linde@lj
2011-01-19 16:05 (ссылка)
Спутала все, извините. Эти геномные перестройки были в Бирштейн В.Я. Цитогенетические и молекулярные аспекты эволюции позвоночных.

(Ответить) (Уровень выше)

Re: кажется, у Шварца было
[info]misha_makferson@lj
2011-01-14 05:51 (ссылка)
В смысле у кистепёрых товарищей было ровно столько и пришлось "я его лепила из того что было" ?

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)

вот нормальная ссылка на источник.
[info]ondo_the_linde@lj
2011-01-19 16:06 (ссылка)
Бирштейн В.Я. Цитогенетические и молекулярные аспекты эволюции позвоночных.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]d_igor_po@lj
2011-01-13 17:54 (ссылка)
+ Этот организм... Он так мешает генам, так мешает.

Почему же? Иной раз помогает.
Помню с детства какая-то советская книжка про развитие детей начиналась фразой:
"Любовь влечет мужчину к женщине, влечет сперматозоид к яйцеклетке".

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-14 02:54 (ссылка)
Угу. А еще до того, до Советского Союза один до того договорился, что, мол, любовь движет солнце и планеты. с ума сойти.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]termometr@lj
2011-01-13 17:58 (ссылка)
вот тут
http://ivanov-petrov.livejournal.com/1325709.html?thread=64473229#t64473229
с подачи уважаемого prahvessor я посмотрел тему.
Факты, конечно, интересные. Понял я немного, но все-таки.
выводы у меня пока такие:
НЕ (только) генетика движет развитие фенотипа.
вот любопытные статьи - популярная -
http://www.ekol.lu.se/upload/JureArt1.pdf

и серьезная -
http://www.tara.tcd.ie/bitstream/2262/40525/1/Increased%20glycolytic%20flux.pdf

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-14 02:54 (ссылка)
спасибо

(Ответить) (Уровень выше)


[info]grihanm@lj
2011-01-13 19:56 (ссылка)
"насколько мало отличается геном человека от какого червяка."
насколько?

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-14 02:55 (ссылка)
я не помню. что-то процентов на 20, что ли.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]grihanm@lj
2011-01-14 03:14 (ссылка)
не так уж и мало :)

(Ответить) (Уровень выше)


[info]schwalbeman@lj
2011-01-14 01:16 (ссылка)
А нечего быть таким эгоистичным.

(Ответить) (Ветвь дискуссии)


[info]ivanov_petrov@lj
2011-01-14 02:55 (ссылка)
всё-всё, я не буду больше. Пусть гены идут куда хотят

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]schwalbeman@lj
2011-01-14 08:16 (ссылка)
Я имел в виду не Вас, а эгоистичного Гену, которому организм мешает.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]misha_makferson@lj
2011-01-14 09:20 (ссылка)
Насколько мне известно Гена это крокодил. И он альтруист.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]schwalbeman@lj
2011-01-14 09:33 (ссылка)
Британские учёные пока этого не установили.

(Ответить) (Уровень выше) (Ветвь дискуссии)


[info]misha_makferson@lj
2011-01-14 10:08 (ссылка)
Конечно не установили. Это русская наука и она транслируется изустно.

(Ответить) (Уровень выше)


[info]misha_makferson@lj
2011-01-14 05:49 (ссылка)
С одной стороны кажется, что это "Лошади едят овёс и сено", а с другой эпигенетику например взять.

(Ответить)